More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3206 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  641    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  79.53 
 
 		 301 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 314 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  56.11 
 
 		 310 aa  348  6e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3013  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 307 aa  308  9e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2160  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 375 aa  298  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.34 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.4 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 335 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  41.1 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 316 aa  212  5.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.2 
 
 		 318 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 399 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.58 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 350 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  209  7e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  38.13 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.33 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 299 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  37.91 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5619  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.272511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  201  9e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.73 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  198  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 289 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.65 
 
 		 289 aa  195  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.04 
 
 		 290 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.96 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 289 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 289 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 313 aa  192  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.23 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>