More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3013 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3013  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 301 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 314 aa  318  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 309 aa  308  9e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 310 aa  298  6e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2160  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 375 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 316 aa  199  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.39 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.95 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.72 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 399 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  37.46 
 
 		 315 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.21 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.35 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.78 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 334 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.11 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 334 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 334 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>