210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2404 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2404  HxlR family transcriptional regulator  100 
 
 		 113 aa  221  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.598252  normal  0.595258 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3596  putative transcriptional regulator  51.85 
 
 		 112 aa  114  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219854  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1054  HxlR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 129 aa  114  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5094  HxlR family transcriptional regulator  54.81 
 
 		 115 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.709504  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1290  transcriptional regulator, HxlR family  51.46 
 
 		 134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0961  putative transcriptional regulator  52.34 
 
 		 134 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7489  transcriptional regulator, HxlR family  58.89 
 
 		 100 aa  101  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1763  helix-turn-helix, HxlR type  49.02 
 
 		 113 aa  100  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.168632  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6227  transcriptional regulator, HxlR family  54.08 
 
 		 107 aa  94  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1972  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 103 aa  69.3  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000001755  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2492  putative transcriptional regulator  37.78 
 
 		 101 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3145  putative transcriptional regulator  37.78 
 
 		 101 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1715  transcriptional regulator protein-like protein  43.18 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5059  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3120  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0075021  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1388  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.682529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1315  HxlR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.9488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1528  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 107 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2054  putative transcriptional regulator  37.66 
 
 		 105 aa  60.1  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.295818  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3220  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00911883  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5216  transcriptional regulator, HxlR family  33.66 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3785  transcriptional regulator, HxlR family  37.08 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.139955  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11742  hypothetical protein  39.78 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021692  normal  0.619113 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3457  putative transcriptional regulator  36.94 
 
 		 226 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00952714  hitchhiker  0.00869506 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1377  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2199  HxlR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 237 aa  53.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.69891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0341  putative transcriptional regulator  42.7 
 
 		 229 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0290  transcriptional regulator protein-like protein  37.08 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0608  transcriptional regulator, HxlR family  32.26 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6779  transcriptional regulator, HxlR family  35 
 
 		 132 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4975  HxlR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5063  HxlR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7868  HxlR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 121 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5356  HxlR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5189  transcriptional regulator, HxlR family  31.13 
 
 		 165 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1032  HxlR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 227 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484903 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2378  transcriptional regulator, HxlR family  32.26 
 
 		 106 aa  50.4  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.415672  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 180 aa  50.1  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1397  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1273  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.866565  hitchhiker  0.0000000994853 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1803  HxlR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0896859  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 136 aa  49.3  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1850  HxlR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.363073 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1784  HxlR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 223 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5238  HxlR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 228 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599716  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2471  transcriptional regulator, HxlR family  28.26 
 
 		 125 aa  48.9  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0824019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0738  putative transcriptional regulator  31.31 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.254703  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0273  transcriptional regulator, HxlR family  31.91 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.394727  normal  0.0155741 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3217  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 170 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0720  cinnamoyl ester hydrolase  31.31 
 
 		 110 aa  48.1  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  30.23 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02523  hypothetical transcriptional regulator  30.68 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.479975  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3168  transcriptional regulator, HxlR family  37.08 
 
 		 225 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3815  transcriptional regulator, HxlR family  33.68 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4262  transcriptional regulator, HxlR family  31.87 
 
 		 144 aa  47.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388354  normal  0.116604 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2035  HxlR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 154 aa  47.4  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.358691 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1684  transcriptional regulator, HxlR family  30.93 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1702  transcriptional regulator, HxlR family  30.93 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.371682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0924  transcriptional regulator, HxlR family  37.65 
 
 		 246 aa  47  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.787459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5213  transcriptional regulator, HxlR family  35.11 
 
 		 229 aa  47  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06336  hypothetical protein  34.52 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4243  transcriptional regulator, HxlR family  30.43 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.216775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3663  MarR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.4155  decreased coverage  0.00589619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4048  HxlR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 230 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2326  HxlR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 237 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.503495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1091  HxlR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 121 aa  47  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000172182  normal  0.0223726 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0013  HxlR family transcriptional regulator  28 
 
 		 126 aa  46.6  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6277  transcriptional regulator, HxlR family  41.46 
 
 		 218 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3621  HxlR family transcriptional regulator  33 
 
 		 148 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.18218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2311  transcriptional regulator, HxlR family  31.13 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272645  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1884  hypothetical protein  31.18 
 
 		 125 aa  45.4  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.226318  normal  0.614663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1021  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 		 128 aa  45.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.247516 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1397  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 137 aa  45.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000300955  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1800  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2088  HxlR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203524  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  30 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0609  transcriptional regulator, HxlR family  35.87 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.822325  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0785  transcriptional regulator, HxlR family  33.71 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3327  transcriptional regulator, HxlR family  30.3 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000038683 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1876  HxlR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0271  transcriptional regulator, HxlR family  34.07 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1081  HxlR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.124143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1489  transcriptional regulator, HxlR family  28.16 
 
 		 130 aa  45.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0684  transcriptional regulator, HxlR family  31.91 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3335  transcriptional regulator, HxlR family  27.37 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1483  HxlR family transcriptional regulator  25 
 
 		 118 aa  45.4  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  30.53 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1415  HxlR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0193281 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4243  transcriptional regulator, HxlR family  35.48 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.790353  normal  0.125727 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl051  MarR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1519  HxlR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 218 aa  44.3  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 121 aa  44.7  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0626  helix-turn-helix HxlR type  37.8 
 
 		 212 aa  44.7  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0933  transcriptional regulator, HxlR family  31.46 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.973186 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3732  HxlR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00142315  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3115  MarR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 114 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.451528  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1947  transcriptional regulator, HxlR family  32.99 
 
 		 219 aa  43.9  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.450036  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>