More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcryo_1291 on replicon NC_007969
Organism: Psychrobacter cryohalolentis K5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1127  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  85.25 
 
 
1495 aa  2608    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.225678  normal  0.0443825 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1291  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1484 aa  3075    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1212  UvrD/REP helicase  70.66 
 
 
1496 aa  2125    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0942329 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.21 
 
 
1238 aa  251  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  26.07 
 
 
1220 aa  244  1e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  26.07 
 
 
1220 aa  244  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  26.07 
 
 
1220 aa  244  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.22 
 
 
1251 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.41 
 
 
1203 aa  237  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  25.72 
 
 
1203 aa  233  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.83 
 
 
1263 aa  232  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.62 
 
 
1200 aa  232  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  26.88 
 
 
1212 aa  231  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  26.15 
 
 
1224 aa  231  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.96 
 
 
1274 aa  230  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.7 
 
 
1336 aa  231  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.97 
 
 
1269 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.03 
 
 
1208 aa  229  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.61 
 
 
1229 aa  228  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.17 
 
 
1207 aa  228  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.54 
 
 
1259 aa  226  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.1 
 
 
1276 aa  221  8.999999999999998e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 
1200 aa  219  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.97 
 
 
1241 aa  217  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  24.43 
 
 
1189 aa  216  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.52 
 
 
1273 aa  215  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  25 
 
 
1194 aa  215  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  24.85 
 
 
1273 aa  214  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.85 
 
 
1273 aa  214  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.98 
 
 
1273 aa  213  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.74 
 
 
1226 aa  212  4e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 
1273 aa  212  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.9 
 
 
1224 aa  211  6e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.86 
 
 
1183 aa  210  2e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.31 
 
 
1223 aa  207  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.45 
 
 
1251 aa  206  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.62 
 
 
1199 aa  207  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.46 
 
 
1085 aa  206  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.03 
 
 
1240 aa  198  8.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.47 
 
 
1232 aa  194  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.35 
 
 
1286 aa  192  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.82 
 
 
1229 aa  192  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  25 
 
 
1152 aa  192  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.1 
 
 
1230 aa  191  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.62 
 
 
1226 aa  191  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.22 
 
 
1263 aa  191  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.93 
 
 
1209 aa  190  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 
1226 aa  189  3e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.85 
 
 
1241 aa  189  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.94 
 
 
1168 aa  189  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.67 
 
 
1230 aa  188  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.1 
 
 
1216 aa  187  1.0000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 
1221 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10641  exonuclease V beta subunit recB  24.41 
 
 
1094 aa  185  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000417929  normal  0.0791919 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.15 
 
 
1203 aa  185  7e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.52 
 
 
1234 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.08 
 
 
1234 aa  182  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.52 
 
 
1245 aa  180  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.54 
 
 
1272 aa  178  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.79 
 
 
1097 aa  176  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.37 
 
 
1269 aa  175  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.83 
 
 
1111 aa  175  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.19 
 
 
1244 aa  175  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.67 
 
 
1226 aa  175  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.03 
 
 
1259 aa  171  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0645  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.08 
 
 
1261 aa  169  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  27.31 
 
 
1181 aa  169  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  27.31 
 
 
1181 aa  169  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  30.51 
 
 
1181 aa  169  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  27.31 
 
 
1181 aa  168  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  28.15 
 
 
1181 aa  168  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.42 
 
 
1236 aa  168  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  27.94 
 
 
1181 aa  168  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0900  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.42 
 
 
1115 aa  167  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0917  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.42 
 
 
1115 aa  167  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45261  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14771  UvrD/REP helicase subunit B  23.98 
 
 
1261 aa  167  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.248766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.46 
 
 
1125 aa  167  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.76 
 
 
1235 aa  166  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.3 
 
 
1236 aa  166  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.28 
 
 
2007 aa  166  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.36 
 
 
1235 aa  166  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  25.26 
 
 
1242 aa  164  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  26.51 
 
 
1180 aa  163  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  26.51 
 
 
1180 aa  163  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  26.51 
 
 
1170 aa  163  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.02 
 
 
1274 aa  164  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  26.51 
 
 
1180 aa  164  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1386  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.01 
 
 
1263 aa  164  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.51 
 
 
1180 aa  163  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0472  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.14 
 
 
1270 aa  163  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.352906  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.14 
 
 
1270 aa  163  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  26.51 
 
 
1180 aa  163  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  26.51 
 
 
1180 aa  163  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  26.51 
 
 
1180 aa  163  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.57 
 
 
1240 aa  162  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0680  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.14 
 
 
1270 aa  163  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1189  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.14 
 
 
1270 aa  163  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.51 
 
 
1109 aa  162  4e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  26.38 
 
 
1180 aa  162  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1520  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.76 
 
 
1934 aa  161  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.604792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>