210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4253 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 408 aa  828    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  28.94 
 
 		 408 aa  150  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  28.69 
 
 		 444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  26.05 
 
 		 381 aa  96.7  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.54 
 
 		 371 aa  92.8  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.59 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.77 
 
 		 382 aa  90.5  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  25.19 
 
 		 370 aa  86.3  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  23.69 
 
 		 405 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.25 
 
 		 403 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.16 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  24.13 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  25.28 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.57 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  23.6 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  25.8 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  24.43 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  26.92 
 
 		 381 aa  75.9  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  23.63 
 
 		 543 aa  75.1  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  23.24 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.87 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.58 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  24.49 
 
 		 538 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  22.42 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  29.86 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.35 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.1 
 
 		 530 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  25.14 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  30.4 
 
 		 1117 aa  69.7  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  22.47 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.3 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.48 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0028  PepSY-associated TM helix  24.29 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.522005  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.19 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.92 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.34 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  22.41 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.07 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 433 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.59 
 
 		 530 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.62 
 
 		 575 aa  67  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2949  hypothetical protein  25.94 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.49 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  23.29 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 374 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  24.03 
 
 		 426 aa  65.1  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.25 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.52 
 
 		 539 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.33 
 
 		 507 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.45 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.53 
 
 		 554 aa  64.3  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 506 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  23.75 
 
 		 529 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  23.64 
 
 		 446 aa  63.5  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  25.85 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.92 
 
 		 456 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  25.11 
 
 		 437 aa  62.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  22.28 
 
 		 408 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.79 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.77 
 
 		 386 aa  62  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  21.03 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  23.29 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  22.55 
 
 		 396 aa  60.8  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  23.06 
 
 		 451 aa  60.5  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  25.41 
 
 		 850 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 506 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4367  PepSY-associated TM helix domain protein  28.14 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0495183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.98 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  23.72 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 482 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  21.12 
 
 		 539 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  21.46 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  26.15 
 
 		 506 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.31 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  23.11 
 
 		 361 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.44 
 
 		 533 aa  57.4  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  21.94 
 
 		 543 aa  57  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  24.67 
 
 		 391 aa  57  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  23.53 
 
 		 428 aa  56.2  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  22.78 
 
 		 456 aa  56.6  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.82 
 
 		 526 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  24.86 
 
 		 850 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  24.57 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.65 
 
 		 501 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  24.52 
 
 		 519 aa  54.7  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  24.94 
 
 		 844 aa  54.7  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  22.73 
 
 		 506 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.76 
 
 		 518 aa  54.3  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.56 
 
 		 502 aa  54.3  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.74 
 
 		 551 aa  53.9  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  22.93 
 
 		 540 aa  53.5  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  21.55 
 
 		 459 aa  53.9  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  24.04 
 
 		 348 aa  53.5  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1822  hypothetical protein  23.43 
 
 		 427 aa  53.5  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4558  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.65 
 
 		 409 aa  53.1  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179796 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  23.96 
 
 		 461 aa  53.1  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  22.59 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  22.59 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.66 
 
 		 575 aa  53.1  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>