105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4367 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4367  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 370 aa  726    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0495183  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 435 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 369 aa  87  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  30.03 
 
 		 398 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  23.66 
 
 		 394 aa  86.3  9e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.01 
 
 		 844 aa  84.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.15 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  26.53 
 
 		 406 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  26.33 
 
 		 381 aa  82.8  0.000000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.97 
 
 		 403 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  26.48 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  29.05 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.37 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.15 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.86 
 
 		 405 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  26.51 
 
 		 405 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.5 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.77 
 
 		 851 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  29.67 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.53 
 
 		 850 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 482 aa  73.2  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  24.01 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.84 
 
 		 849 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.6 
 
 		 842 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  21.93 
 
 		 391 aa  72  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  29.53 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  24.04 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  26.47 
 
 		 783 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.53 
 
 		 850 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.78 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25.33 
 
 		 840 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  28.07 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  28.07 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.61 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.34 
 
 		 388 aa  67  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2949  hypothetical protein  27.93 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  24.3 
 
 		 384 aa  66.6  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.52 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  25.96 
 
 		 377 aa  66.6  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.11 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.08 
 
 		 381 aa  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  25 
 
 		 843 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  28.27 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  24.15 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.45 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  27.72 
 
 		 844 aa  60.5  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  27.71 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.43 
 
 		 892 aa  59.3  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  26.1 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  26.85 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  25.79 
 
 		 850 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.42 
 
 		 885 aa  55.8  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  25.59 
 
 		 850 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  21.54 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  21.24 
 
 		 385 aa  54.7  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 398 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2016  PepSY-associated TM helix family protein  24.56 
 
 		 363 aa  53.9  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00288913  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  24.49 
 
 		 1117 aa  53.5  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  21.62 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4069  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.46 
 
 		 727 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.287082  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  26.11 
 
 		 455 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  23.21 
 
 		 822 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  25.59 
 
 		 397 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  25.86 
 
 		 455 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 412 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.51 
 
 		 849 aa  50.4  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1665  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.01 
 
 		 732 aa  50.4  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.664708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  28.85 
 
 		 388 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  29.78 
 
 		 512 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  26.96 
 
 		 456 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  30.72 
 
 		 486 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2252  PepSY-associated TM helix domain protein  25.87 
 
 		 520 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31682  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.8 
 
 		 411 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1570  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.91 
 
 		 464 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.62 
 
 		 412 aa  47.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.56 
 
 		 459 aa  47  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  30.13 
 
 		 490 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  25.37 
 
 		 397 aa  46.6  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  25.98 
 
 		 380 aa  46.2  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  21.12 
 
 		 459 aa  46.2  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  29.71 
 
 		 380 aa  45.4  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3238  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 359 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 460 aa  46.2  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  22.96 
 
 		 538 aa  46.2  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  23.93 
 
 		 397 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1600  PepSY-associated TM helix  31.62 
 
 		 464 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.239487  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1624  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 464 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  24.03 
 
 		 397 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  24.88 
 
 		 455 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  27.36 
 
 		 460 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.79 
 
 		 530 aa  45.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  24.37 
 
 		 718 aa  45.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.95767  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  28.87 
 
 		 457 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  22.53 
 
 		 428 aa  44.7  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2884  hypothetical protein  22.64 
 
 		 371 aa  44.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.179346  hitchhiker  0.000404668 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.94 
 
 		 496 aa  44.3  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  29.47 
 
 		 479 aa  44.3  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  25.12 
 
 		 454 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.13 
 
 		 530 aa  43.5  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  29.47 
 
 		 437 aa  43.5  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>