More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2618 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  624  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 297 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1876  NodD transcription activator-related protein  75.23 
 
 		 227 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 304 aa  289  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3107  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 299 aa  268  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454778  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 321 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.51 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 331 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 341 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.74 
 
 		 330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 297 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 432 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 309 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 333 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 313 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  26.52 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  27.74 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>