297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2057 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  558  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 272 aa  285  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  46.24 
 
 		 283 aa  248  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  42.11 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  41.73 
 
 		 279 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  41.61 
 
 		 279 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  40.88 
 
 		 280 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  41.01 
 
 		 279 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 277 aa  165  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  34.33 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 285 aa  145  6e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 314 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  27.24 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 281 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 283 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 303 aa  92.4  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  22.47 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  23.16 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  20.85 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.28 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  24.58 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  20.88 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  21.86 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  22.1 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  20.79 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.99 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  23.38 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  19.56 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  23.57 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.95 
 
 		 289 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  23.63 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  22.03 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.66 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.81 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  27.04 
 
 		 313 aa  55.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.24 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  19.19 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.53 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 312 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.53 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.53 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.53 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  26.24 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.39 
 
 		 298 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  25.33 
 
 		 323 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 318 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 286 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 286 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 286 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.18 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 338 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  21.17 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28.17 
 
 		 284 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28.17 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.14 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.86 
 
 		 289 aa  53.9  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  23.91 
 
 		 288 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 291 aa  53.5  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 307 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.86 
 
 		 289 aa  53.1  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  23.27 
 
 		 282 aa  52.8  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  21.61 
 
 		 314 aa  52.8  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 290 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>