More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1960 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 256 aa  523  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 255 aa  330  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  43.36 
 
 		 259 aa  209  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  30.68 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  35.32 
 
 		 253 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  35.35 
 
 		 259 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 272 aa  111  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 264 aa  108  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 274 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  32.88 
 
 		 261 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 259 aa  106  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  32.27 
 
 		 262 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 300 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 257 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  32.3 
 
 		 261 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  32.74 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  31.73 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 252 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 260 aa  92  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  27.56 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 268 aa  90.5  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 256 aa  86.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  26.48 
 
 		 271 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 272 aa  82  0.000000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  27.38 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  24.03 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 283 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  27.31 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0587  transcriptional regulator, IclR family  24.47 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0391803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 268 aa  68.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  22.13 
 
 		 294 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 294 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  26.55 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  24.5 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  26.54 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3479  regulatory proteins, IclR  23.94 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0476526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3050  regulatory proteins, IclR  27.5 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 324 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2381  IclR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  25.33 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  26.25 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6466  transcriptional regulator, IclR family  23.97 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185933  normal  0.684135 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 262 aa  65.5  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  23.64 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  23.23 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3858  IclR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.8679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0373  IclR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  26.25 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  27.66 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  23.72 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  26.27 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  25.32 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  20.08 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>