More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0796 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 272 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  40.72 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  40.62 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 268 aa  154  9e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 257 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 257 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 300 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 257 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  36.36 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 274 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  38.33 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 308 aa  148  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 308 aa  148  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 274 aa  148  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  35.55 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 308 aa  148  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  37.78 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  32.94 
 
 		 253 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  37.99 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  35.68 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  36 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  34.57 
 
 		 259 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 259 aa  131  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  33.18 
 
 		 259 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 255 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 256 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  24.24 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0134  IclR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 268 aa  90.1  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3965  IclR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  23.97 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  24.03 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  24.03 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3988  IclR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245997  normal  0.0520052 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  27.98 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  25.6 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3662  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.115277  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5595  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.328221 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4705  IclR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0690054  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  24.58 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1332  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0591  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  24.53 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1109  IclR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0131457  normal  0.23204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0951  IclR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4229  IclR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.423697  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03724  putative transcriptional regulator  22.18 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4214  IclR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389286 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1497  IclR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03673  hypothetical protein  22.18 
 
 		 284 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4564  IclR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  hitchhiker  0.000704701 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4099  IclR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.313873 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  24.71 
 
 		 267 aa  75.5  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  23.31 
 
 		 324 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 267 aa  75.5  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  24.8 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  24.48 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5091  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  26.5 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  25.58 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  25.48 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>