More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0188 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 271 aa  549  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 289 aa  236  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  40.56 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  40.48 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  41.41 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 257 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 264 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 279 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  39.43 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  37.75 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  40.61 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  38.11 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 252 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 268 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 256 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  37.94 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 260 aa  125  9e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 272 aa  122  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  31.45 
 
 		 259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  34.82 
 
 		 258 aa  109  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5102  transcriptional regulator, IclR family  28.08 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.500204  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  25.99 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  28.37 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  24.41 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  22.54 
 
 		 248 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  24.51 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  27.01 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2967  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3033  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000487376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4436  transcriptional regulator, IclR family  23.55 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2715  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0951  IclR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1534  regulatory protein, IclR  21.91 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2995  transcriptional regulator, IclR family  23.08 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71341e-17 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3031  transcriptional regulator, IclR family  22.27 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000276549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  26.54 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2785  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 249 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253598  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2734  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  7.16584e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2997  IclR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 249 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  26.54 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  23.46 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1595  IclR-type transcriptional regulator  29.38 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  26.54 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  26.54 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  26.54 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  22.62 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  24.9 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  25.82 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  22.62 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5123  transcriptional regulator, IclR family  28.12 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  27.52 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5288  regulatory protein, IclR  27.16 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.497587 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  28.12 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2997  transcriptional regulator, IclR family  22.27 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000293237  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2354  IclR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.185931  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 324 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  26.03 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>