More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3127 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  569  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  59.51 
 
 		 272 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  60.64 
 
 		 253 aa  308  8e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  60 
 
 		 274 aa  308  9e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  59.35 
 
 		 262 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 292 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  60.08 
 
 		 300 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 315 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  57.49 
 
 		 270 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 257 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 257 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 257 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 274 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 274 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 308 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 274 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 308 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  55.84 
 
 		 300 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 274 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 308 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 274 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  59.29 
 
 		 257 aa  300  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 257 aa  298  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 256 aa  276  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  47.41 
 
 		 259 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  46.06 
 
 		 261 aa  224  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  46.46 
 
 		 261 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 264 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 259 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  45.6 
 
 		 260 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 268 aa  203  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  36.55 
 
 		 288 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  39.34 
 
 		 271 aa  162  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 285 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  36.74 
 
 		 259 aa  136  4e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 256 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  31.64 
 
 		 258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0134  IclR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272177  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  28.69 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  28.69 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  28.69 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  28.69 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  28.69 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  24 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  23.29 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  27.49 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  27.49 
 
 		 263 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5397  transcriptional regulator, IclR family  24.67 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.429612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  26.42 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  27.1 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3965  IclR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  24.44 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  26.45 
 
 		 267 aa  69.3  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  26.23 
 
 		 252 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5123  transcriptional regulator, IclR family  29.69 
 
 		 255 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  30.77 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  25.82 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  26.03 
 
 		 267 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4339  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.85 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.221875 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3913  transcriptional regulator, IclR family  23.04 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  25.44 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  21.4 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  26.76 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0434  transcriptional regulator, IclR family  24.69 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  25.23 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  26.76 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3124  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.845824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  26.42 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  25.82 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 267 aa  62.4  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  21.56 
 
 		 248 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4105  transcriptional regulator, IclR family  22.12 
 
 		 262 aa  62  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>