More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3913 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3913  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 262 aa  541  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4105  transcriptional regulator, IclR family  94.66 
 
 		 262 aa  518  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 269 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3903  putative transcriptional regulator  40.42 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.575083  normal  0.758857 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3842  putative transcriptional regulator  40.42 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312233  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3800  putative transcriptional regulator  40.42 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3734  putative transcriptional regulator  40.42 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02174  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.39 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1410  transcriptional regulator, IclR family  38.39 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1401  IclR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.509968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2390  IclR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02133  hypothetical protein  38.39 
 
 		 260 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2402  IclR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 260 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3389  transcriptional regulator, IclR family, C-terminal domain  37.5 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2532  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.221562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  31.25 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2520  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2428  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2477  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2636  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 260 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.982011 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3701  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 262 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  31.9 
 
 		 252 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  31.84 
 
 		 254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  34.67 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  31.03 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  30.31 
 
 		 263 aa  128  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  29.02 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 263 aa  121  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  33.18 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  29.2 
 
 		 263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  34.3 
 
 		 267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4784  transcriptional regulator, IclR family  32.46 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.820047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  28.8 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2285  transcriptional regulator, IclR family  28.4 
 
 		 259 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  28.4 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  28.4 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  29.13 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  28.4 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  29.91 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  28.4 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  28.4 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  29.39 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  28.4 
 
 		 263 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  27.59 
 
 		 246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  29.82 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0532  transcriptional regulator, IclR family  33.84 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  27.69 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 267 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  35.35 
 
 		 280 aa  112  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 283 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5123  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 255 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.47 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4675  transcriptional regulator, IclR family  32.9 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.236119  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7726  IclR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  31.84 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  28.23 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 256 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  32.92 
 
 		 253 aa  109  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4374  transcriptional regulator, IclR family  26.81 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0433228  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  30.81 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4391  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.143749  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  30.81 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2238  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.399676  normal  0.216558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  26.97 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  28.28 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3002  transcriptional regulator, IclR family  30.14 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.169737  normal  0.0961042 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 275 aa  106  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  30.46 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2850  IclR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.526346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0198  Transcriptional regulator IclR  29.57 
 
 		 265 aa  105  8e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101079  normal  0.134776 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  30.33 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 		 260 aa  105  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3103  transcriptional regulator, IclR family  25.42 
 
 		 250 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2883  IclR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0306717  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3121  transcriptional regulator, IclR family  25.42 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000351533  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3098  IclR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0903257  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2875  IclR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>