More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4980 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  100 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  84.31 
 
 		 264 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  82.49 
 
 		 261 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  83.92 
 
 		 259 aa  441  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  81.78 
 
 		 261 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  79.22 
 
 		 259 aa  423  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 270 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 272 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 274 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 274 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 274 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 274 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 274 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 300 aa  231  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 274 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 274 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 315 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  47.76 
 
 		 262 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 274 aa  225  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 257 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 257 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 257 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 257 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  46.4 
 
 		 253 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 257 aa  221  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 279 aa  215  5e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 256 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 268 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  38.74 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  40.48 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  40.39 
 
 		 258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 285 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 272 aa  148  9e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 256 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  39.91 
 
 		 258 aa  127  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  37.44 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  30.4 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.95 
 
 		 277 aa  90.1  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 284 aa  86.3  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  28.37 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  27.02 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4475  transcriptional regulator, IclR family  25.45 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0192379  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  29.96 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  30.13 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4081  IclR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 271 aa  78.6  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  32.2 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5288  regulatory protein, IclR  28.89 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.497587 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4689  transcriptional regulator, IclR family  27.93 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  28.9 
 
 		 280 aa  75.9  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1505  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18867  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  30.36 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0600  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1340  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2490  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0323  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0968  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1301  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  25.79 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1229  IclR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  27.65 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.31 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  27.65 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1130  transcriptional regulator, IclR family  28.38 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  27.23 
 
 		 254 aa  72  0.000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  28.44 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  26.47 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  28.44 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>