More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0816 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0816  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  593  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0188  regulatory proteins, IclR  51.02 
 
 		 271 aa  236  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4303  IclR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 270 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1074  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0636  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0830  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2965  IclR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 272 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1794  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.353439  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1151  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.82938  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2367  IclR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314257  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3282  IclR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0217163 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2281  regulatory proteins, IclR  38.46 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.864202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6042  transcriptional regulator, IclR family  40 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7200  transcriptional regulator, IclR family  39.3 
 
 		 261 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07043 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1090  regulatory proteins, IclR  38.11 
 
 		 253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4749  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5338  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5523  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2994  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0847126  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0370  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 274 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013251  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1747  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 274 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273271  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1560  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.552414  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0411  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2877  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 274 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1233  IclR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 274 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00230944  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0234  IclR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 264 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2272  IclR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.344477  hitchhiker  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1611  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6921  transcriptional regulator, IclR family  39.34 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.095189  normal  0.134919 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4980  regulatory protein IclR  38.19 
 
 		 260 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.057245  normal  0.0161062 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0308  regulatory protein IclR  38.1 
 
 		 259 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5394  IclR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.340198 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4847  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 300 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0298139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0136  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 257 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.731827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0227  IclR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2201  IclR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3127  IclR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3400  IclR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 268 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.966908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0796  IclR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.060065  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1542  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 260 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2434  IclR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6756  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.152181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02755  transcriptional regulator  38.12 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2487  transcriptional regulator KdgR  35.59 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.823978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1548  IclR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.88716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1960  IclR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.124593  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2760  regulatory protein IclR  32 
 
 		 259 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1258  IclR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 255 aa  99.4  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210097 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  28.11 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3279  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  29.02 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1458  transcriptional regulator, IclR family  27.09 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  25.58 
 
 		 263 aa  72.4  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0169  regulatory proteins, IclR  26.48 
 
 		 275 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  26.02 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1534  regulatory protein, IclR  23.51 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  26.34 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  26.34 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.44 
 
 		 269 aa  69.7  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0118  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  26.55 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  25.75 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6267  transcriptional regulator, IclR family  25.69 
 
 		 259 aa  68.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2532  putative transcriptional regulator  25.9 
 
 		 260 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.221562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3296  IclR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2428  putative transcriptional regulator  25.9 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2477  putative transcriptional regulator  25.9 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2520  putative transcriptional regulator  25.9 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  25.48 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38500  IclR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3552  transcriptional regulator, IclR family  24.71 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0384  IclR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 265 aa  65.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0235844  hitchhiker  0.00703834 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.48 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3327  regulatory proteins, IclR  25.49 
 
 		 263 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736955 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  25.58 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  24.24 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  23.96 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  24.61 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0735  regulatory protein, IclR  21.58 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000567454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  25.98 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  25 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  24.9 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  24.9 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  24.9 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3479  regulatory proteins, IclR  24.02 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0476526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  24.9 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  24.9 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>