More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3476 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3476  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 261 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1101  IclR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3980  IclR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0269788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  40.93 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4107  IclR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903735  normal  0.0536886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3654  IclR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4713  IclR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5587  IclR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152901 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  36.51 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4572  IclR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000944679 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  36.51 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3573  IclR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0802291  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7055  transcriptional regulator, IclR family  35.04 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.444053  normal  0.38621 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0171  IclR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 294 aa  148  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1109  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0131457  normal  0.23204 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  32.16 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4564  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  hitchhiker  0.000704701 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1332  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0591  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5595  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.328221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3662  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.115277  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4705  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0690054  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1505  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  145  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18867  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4229  IclR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 318 aa  145  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.423697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0600  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0323  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1301  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1340  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2490  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1229  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0968  IclR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4099  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.313873 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3988  IclR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245997  normal  0.0520052 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1497  IclR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  33.75 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  32.42 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  34.23 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  33.85 
 
 		 263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0134  IclR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272177  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  34.13 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  33.73 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3965  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  33.2 
 
 		 280 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4014  regulatory proteins, IclR  33.2 
 
 		 280 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.604486  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  32.56 
 
 		 267 aa  125  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  31.58 
 
 		 279 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 274 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7933  transcriptional regulator  34.68 
 
 		 267 aa  122  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.829715  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1123  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  28.96 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 267 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 261 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  35.29 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.85 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.33 
 
 		 261 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.33 
 
 		 261 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  29.08 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.33 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.33 
 
 		 261 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0951  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 285 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0818  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0589352  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 267 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 		 269 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.58 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  31.58 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5918  IclR family transcriptional regulator family  32.14 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 267 aa  108  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  32.24 
 
 		 249 aa  108  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01930  transcriptional regulator PcaR  31.15 
 
 		 279 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.676687 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  31.05 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>