More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1615 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 298 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  98.66 
 
 		 298 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  96.31 
 
 		 298 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  88.1 
 
 		 298 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  86.78 
 
 		 298 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  85.42 
 
 		 298 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 302 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  82.29 
 
 		 302 aa  494  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  79.93 
 
 		 304 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  55.94 
 
 		 293 aa  348  5e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  55.94 
 
 		 293 aa  348  8e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 292 aa  345  7e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  55.94 
 
 		 293 aa  345  7e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  54.39 
 
 		 289 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 292 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 292 aa  343  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 292 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 292 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 289 aa  343  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 291 aa  342  4e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 289 aa  340  1e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 289 aa  340  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  53.5 
 
 		 289 aa  339  4e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 292 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  51.92 
 
 		 290 aa  325  6e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  51.4 
 
 		 290 aa  324  1e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  51.92 
 
 		 289 aa  322  4e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 295 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  52.08 
 
 		 289 aa  316  3e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 289 aa  314  9e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  49.48 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  49.65 
 
 		 288 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  51.75 
 
 		 290 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 300 aa  308  8e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 288 aa  306  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 288 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 298 aa  299  4e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 326 aa  277  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 290 aa  277  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  43.26 
 
 		 292 aa  247  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.86 
 
 		 293 aa  225  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.97 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.11 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 296 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  208  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  208  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.11 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.42 
 
 		 309 aa  203  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 327 aa  203  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.35 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  38.91 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>