More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0138 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007798  NSE_0138  putative RNA pseudouridylate synthase, truncation  100 
 
 
119 aa  244  2e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  94.78 
 
 
330 aa  230  6e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.814185  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  51.58 
 
 
352 aa  97.8  4e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  53.12 
 
 
305 aa  96.7  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.85 
 
 
331 aa  96.3  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  58.82 
 
 
300 aa  95.5  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.71 
 
 
327 aa  94.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.55 
 
 
325 aa  94.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.55 
 
 
325 aa  94.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.53 
 
 
343 aa  95.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.47 
 
 
347 aa  93.2  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.47 
 
 
334 aa  93.2  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.96 
 
 
400 aa  92.4  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  55.43 
 
 
315 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  48 
 
 
396 aa  92.8  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  56.32 
 
 
334 aa  92  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.35 
 
 
313 aa  91.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  47.01 
 
 
325 aa  91.3  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  58.75 
 
 
324 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.43 
 
 
318 aa  91.3  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  51.04 
 
 
319 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.04 
 
 
321 aa  91.3  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.49 
 
 
332 aa  91.3  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  54.65 
 
 
342 aa  91.3  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 
327 aa  90.5  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  52.53 
 
 
343 aa  90.5  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  51.04 
 
 
304 aa  90.5  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  56.32 
 
 
328 aa  90.5  7e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  48.94 
 
 
347 aa  90.5  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.32 
 
 
304 aa  90.5  7e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  49.5 
 
 
370 aa  90.1  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  49.5 
 
 
370 aa  90.1  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  55.17 
 
 
322 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  58.54 
 
 
341 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.49 
 
 
303 aa  89.4  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.29 
 
 
323 aa  89.4  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.12 
 
 
326 aa  89  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.87 
 
 
310 aa  89  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  53.06 
 
 
306 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.29 
 
 
323 aa  89  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.12 
 
 
326 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.12 
 
 
326 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.09 
 
 
318 aa  88.6  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  48.78 
 
 
341 aa  88.6  3e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  46.9 
 
 
318 aa  88.2  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.12 
 
 
326 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.12 
 
 
326 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  54.12 
 
 
326 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  51.06 
 
 
311 aa  87.8  4e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.38 
 
 
356 aa  87.8  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.96 
 
 
349 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  52.22 
 
 
320 aa  87.8  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  45 
 
 
420 aa  88.2  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  49.07 
 
 
349 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  51.09 
 
 
326 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  53.33 
 
 
319 aa  87.8  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  58.54 
 
 
341 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.79 
 
 
325 aa  87.8  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  51.72 
 
 
318 aa  87.8  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.83 
 
 
325 aa  87.8  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  51.65 
 
 
319 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  50.53 
 
 
321 aa  87.4  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  49.46 
 
 
306 aa  87.4  6e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  42.59 
 
 
343 aa  87  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.37 
 
 
324 aa  87.4  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  54.26 
 
 
482 aa  87.4  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  51.11 
 
 
309 aa  87  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  48.51 
 
 
358 aa  86.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.57 
 
 
296 aa  86.7  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  54.02 
 
 
342 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.69 
 
 
324 aa  86.3  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  53.49 
 
 
329 aa  86.3  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.92 
 
 
333 aa  86.3  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  50 
 
 
326 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.47 
 
 
356 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  54.02 
 
 
319 aa  86.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.65 
 
 
316 aa  86.3  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  51.72 
 
 
346 aa  86.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  50 
 
 
326 aa  86.3  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  50 
 
 
326 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  48.31 
 
 
348 aa  86.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  48.91 
 
 
326 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  48.91 
 
 
326 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  50.55 
 
 
318 aa  85.5  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
320 aa  85.9  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.91 
 
 
326 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  49.44 
 
 
321 aa  85.5  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  48.91 
 
 
326 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  50.55 
 
 
325 aa  85.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.91 
 
 
326 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.88 
 
 
347 aa  85.1  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.87 
 
 
325 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  43.97 
 
 
327 aa  85.1  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  48.39 
 
 
306 aa  85.1  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 
344 aa  85.1  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  48.91 
 
 
327 aa  84.7  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 
323 aa  84.7  4e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.83 
 
 
325 aa  84.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.66 
 
 
303 aa  84.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 
352 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>