More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0975 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
508 aa  1019    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  60.87 
 
 
502 aa  434  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6046  two component LuxR family transcriptional regulator  65.1 
 
 
502 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  61.6 
 
 
774 aa  411  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6248  two component LuxR family transcriptional regulator  58.35 
 
 
633 aa  392  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.713882 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  55.09 
 
 
643 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.59 
 
 
643 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2055  signal transduction histidine kinase  71.26 
 
 
655 aa  256  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2379  signal transduction histidine kinase  69.28 
 
 
655 aa  246  8e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2103  PAS sensor protein  68.67 
 
 
655 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2182  signal transduction histidine kinase  45.39 
 
 
528 aa  214  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 
1084 aa  182  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.8 
 
 
827 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.65 
 
 
845 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.72 
 
 
957 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.99 
 
 
941 aa  169  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 
826 aa  167  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.97 
 
 
1057 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 
814 aa  164  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4235  signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 
496 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.942064  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
1339 aa  162  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
939 aa  160  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0338  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
568 aa  160  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127973  decreased coverage  0.00024777 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  40.93 
 
 
1065 aa  159  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 
1068 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.5 
 
 
1076 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.93 
 
 
1065 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.77 
 
 
944 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 
703 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  36.95 
 
 
660 aa  157  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 
943 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 
809 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
489 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  36.95 
 
 
1093 aa  153  8e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.56 
 
 
1165 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0151  PAS sensor protein  44.81 
 
 
226 aa  152  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 
887 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1750  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 
660 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.3 
 
 
1514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.3 
 
 
1514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
927 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  36.92 
 
 
692 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.35 
 
 
1164 aa  146  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  48 
 
 
727 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.68 
 
 
1022 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  42.22 
 
 
611 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  45.75 
 
 
380 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 
732 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  45.35 
 
 
1164 aa  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  42.22 
 
 
611 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  42.22 
 
 
611 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  42.22 
 
 
611 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.9 
 
 
734 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.51 
 
 
966 aa  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4080  putative PAS/PAC sensor protein  31.64 
 
 
1081 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
1050 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  42.22 
 
 
611 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1490  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
835 aa  144  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 
951 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  40.1 
 
 
214 aa  144  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 
589 aa  143  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  43.95 
 
 
1051 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  40.91 
 
 
205 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 
205 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.86 
 
 
588 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  41.12 
 
 
203 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
208 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.25 
 
 
589 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.71 
 
 
1370 aa  142  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 
688 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.89 
 
 
1383 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 
589 aa  140  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 
727 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 
589 aa  140  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 
588 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  41.62 
 
 
205 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 
1215 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  41.62 
 
 
205 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3000  signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
495 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  44.74 
 
 
1202 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  40.51 
 
 
847 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.9 
 
 
1153 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 
1086 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  40.61 
 
 
205 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 
720 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.73 
 
 
905 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
703 aa  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
1092 aa  137  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  36.67 
 
 
1086 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  42.86 
 
 
1152 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
210 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
1095 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  40.2 
 
 
208 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  44.39 
 
 
205 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4322  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 
969 aa  133  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.39845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 
727 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
732 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.21 
 
 
1631 aa  131  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  40 
 
 
611 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>