More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2323 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
290 aa  596  1e-169  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  51.6 
 
 
296 aa  262  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  50.17 
 
 
295 aa  262  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  49.82 
 
 
299 aa  262  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.36 
 
 
340 aa  261  8.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  51.43 
 
 
296 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  48.91 
 
 
299 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.65 
 
 
299 aa  261  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  51.49 
 
 
297 aa  259  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  51.49 
 
 
297 aa  259  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  51.49 
 
 
297 aa  259  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  51.49 
 
 
297 aa  258  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  49.45 
 
 
299 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.75 
 
 
303 aa  256  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  48.76 
 
 
299 aa  255  5e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  49.08 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  48.41 
 
 
299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  49.47 
 
 
301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  49.08 
 
 
299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  48.08 
 
 
308 aa  252  5.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  46.55 
 
 
295 aa  251  8.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  48.38 
 
 
300 aa  248  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  48.18 
 
 
296 aa  248  7e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  47.33 
 
 
295 aa  248  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  48.01 
 
 
303 aa  248  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  47.74 
 
 
306 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  47.54 
 
 
298 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  47.54 
 
 
298 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  49.07 
 
 
303 aa  244  9e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  49.07 
 
 
303 aa  244  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3077  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.3 
 
 
297 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000192537  normal  0.0402909 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  45.91 
 
 
300 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  48.34 
 
 
302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  46.1 
 
 
298 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  46.95 
 
 
300 aa  238  8e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  47.23 
 
 
301 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  47.97 
 
 
302 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  46.81 
 
 
281 aa  236  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  46.49 
 
 
299 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  46.07 
 
 
298 aa  232  6e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  44.29 
 
 
279 aa  232  7.000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  45.76 
 
 
299 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  41.43 
 
 
286 aa  228  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  45.55 
 
 
301 aa  228  8e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.24 
 
 
280 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.19 
 
 
284 aa  226  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  43.49 
 
 
326 aa  225  8e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  44.85 
 
 
277 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.88 
 
 
285 aa  223  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.19 
 
 
292 aa  223  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  45.79 
 
 
298 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  45.55 
 
 
287 aa  220  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.01 
 
 
307 aa  219  5e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  219  5e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.96 
 
 
309 aa  218  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  43.98 
 
 
286 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.98 
 
 
286 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
311 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.21 
 
 
389 aa  217  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  45.26 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  44.01 
 
 
285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  40.79 
 
 
297 aa  216  5e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  41.54 
 
 
300 aa  216  5e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.79 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  44.78 
 
 
311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.45 
 
 
280 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  44.21 
 
 
286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.75 
 
 
433 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.42 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.71 
 
 
285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
281 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.36 
 
 
285 aa  212  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.75 
 
 
285 aa  212  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.62 
 
 
287 aa  211  7.999999999999999e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  45.35 
 
 
293 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  43.96 
 
 
311 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  44.03 
 
 
311 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  45.35 
 
 
293 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  44.03 
 
 
311 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  44.03 
 
 
311 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.48 
 
 
282 aa  211  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  43.66 
 
 
311 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  41.73 
 
 
307 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.22 
 
 
311 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.52 
 
 
289 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  43.59 
 
 
280 aa  210  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  43.66 
 
 
311 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>