More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_2297 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
305 aa  614  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.86 
 
 
298 aa  323  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  55.48 
 
 
287 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  55.48 
 
 
287 aa  298  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
293 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  55.15 
 
 
284 aa  295  7e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  55.71 
 
 
293 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  53.74 
 
 
311 aa  287  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  54.15 
 
 
311 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  56.94 
 
 
291 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  54.15 
 
 
311 aa  286  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  57.25 
 
 
290 aa  279  4e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  56.52 
 
 
290 aa  275  5e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  56.52 
 
 
290 aa  275  5e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  53.18 
 
 
303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  52.57 
 
 
288 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  53.26 
 
 
293 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  52.81 
 
 
285 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  52.28 
 
 
292 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 
292 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  51.87 
 
 
292 aa  265  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  50.53 
 
 
292 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  50.53 
 
 
292 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.85 
 
 
296 aa  250  2e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
295 aa  249  6e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  46.77 
 
 
299 aa  245  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.25 
 
 
303 aa  241  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.66 
 
 
340 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  45.09 
 
 
298 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  45.09 
 
 
298 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 
298 aa  236  3e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  45 
 
 
295 aa  235  7e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  42.14 
 
 
297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  41.98 
 
 
300 aa  233  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  44.36 
 
 
303 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  42.4 
 
 
297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  42.4 
 
 
297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  42.05 
 
 
297 aa  232  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.73 
 
 
301 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
296 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  41.7 
 
 
296 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
299 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  43.98 
 
 
303 aa  230  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  40.47 
 
 
299 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  40.78 
 
 
295 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  42.7 
 
 
300 aa  229  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  39.74 
 
 
306 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  40.8 
 
 
299 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  41.67 
 
 
303 aa  228  1e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  43.26 
 
 
301 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.7 
 
 
299 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  43.61 
 
 
303 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  40.13 
 
 
299 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  39.8 
 
 
299 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
300 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.73 
 
 
298 aa  221  8e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
302 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  39.79 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  39.45 
 
 
299 aa  220  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  41.3 
 
 
308 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  39.87 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  40.51 
 
 
299 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  41.04 
 
 
286 aa  215  7e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  39.1 
 
 
299 aa  215  9e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.76 
 
 
307 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.61 
 
 
307 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.38 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  42.61 
 
 
329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.29 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  37.16 
 
 
297 aa  195  8.000000000000001e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  39.34 
 
 
307 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  39.85 
 
 
307 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.11 
 
 
326 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  38.97 
 
 
311 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  40.74 
 
 
286 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.74 
 
 
286 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.54 
 
 
300 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.51 
 
 
389 aa  190  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.63 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  38.24 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.63 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  40.21 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.71 
 
 
289 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  38.75 
 
 
311 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.03 
 
 
281 aa  186  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40 
 
 
313 aa  186  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  38.52 
 
 
279 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  40.88 
 
 
319 aa  186  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  38.01 
 
 
311 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  37.78 
 
 
297 aa  185  9e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  38.66 
 
 
277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  40.15 
 
 
282 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.58 
 
 
350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  39.48 
 
 
283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  39.1 
 
 
281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  37.08 
 
 
288 aa  183  2.0000000000000003e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  40.94 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.93 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>