More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1662 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1662  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
157 aa  314  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18425  normal  0.642578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0526  putative PAS/PAC sensor protein  74.82 
 
 
157 aa  189  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0113  PAS sensor protein  68.79 
 
 
160 aa  185  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3363  PAS sensor protein  65.19 
 
 
158 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.435353  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4785  PAS sensor protein  65.19 
 
 
158 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6357  PAS sensor protein  66.67 
 
 
156 aa  165  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1140  putative PAS/PAC sensor protein  54.31 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113848 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  42.15 
 
 
336 aa  101  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  45.45 
 
 
326 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  44.74 
 
 
336 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  39.45 
 
 
400 aa  96.3  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  43.86 
 
 
336 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0882  putative PAS/PAC sensor protein  38.83 
 
 
166 aa  95.1  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 
448 aa  91.7  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
687 aa  87.8  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
1562 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 
424 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40 
 
 
418 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4536  putative PAS/PAC sensor protein  38.32 
 
 
194 aa  80.5  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 
884 aa  79.7  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 
419 aa  80.1  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.1 
 
 
425 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  37.61 
 
 
541 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  37.61 
 
 
541 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.77 
 
 
1059 aa  77.4  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  40.78 
 
 
541 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  33.64 
 
 
748 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.64 
 
 
763 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
1692 aa  75.5  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
1877 aa  74.3  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.4 
 
 
920 aa  74.3  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  38.89 
 
 
792 aa  74.3  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.14 
 
 
416 aa  74.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1488  PAS  34.55 
 
 
531 aa  73.9  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  35.14 
 
 
760 aa  73.9  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1568 aa  73.9  0.0000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.1 
 
 
929 aa  73.6  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 
723 aa  72.8  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
1741 aa  72.8  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.14 
 
 
416 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  35.92 
 
 
534 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  34.55 
 
 
644 aa  71.6  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  35.9 
 
 
539 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.66 
 
 
1238 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
546 aa  70.9  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.08 
 
 
905 aa  70.5  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
989 aa  70.5  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 
1820 aa  69.7  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 
861 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  38.36 
 
 
149 aa  69.3  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  31.07 
 
 
1057 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1127  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.46 
 
 
989 aa  69.7  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.476664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1778  putative PAS/PAC sensor protein  33.65 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0428766  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
654 aa  68.9  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0511  putative PAS/PAC sensor protein  34.75 
 
 
495 aa  68.9  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  35 
 
 
839 aa  68.6  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.11 
 
 
1101 aa  68.6  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  38.95 
 
 
366 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  33.96 
 
 
507 aa  67.8  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
491 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
366 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
959 aa  66.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.58 
 
 
1090 aa  66.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  29.13 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 
365 aa  65.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
334 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  35.19 
 
 
533 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
578 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
477 aa  65.5  0.0000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
890 aa  65.5  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.38 
 
 
1183 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000382  putative sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 
873 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
814 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.64 
 
 
857 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.102755  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.38 
 
 
1183 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  30.63 
 
 
943 aa  65.1  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  31.53 
 
 
1178 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  28.7 
 
 
680 aa  65.1  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  31.48 
 
 
477 aa  65.1  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
389 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  33.33 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
827 aa  64.3  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
1017 aa  64.3  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
812 aa  64.3  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 
1064 aa  63.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 
375 aa  63.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  32.23 
 
 
152 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  33.94 
 
 
581 aa  63.9  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  33.33 
 
 
544 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.7 
 
 
758 aa  63.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  32 
 
 
463 aa  63.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  31.07 
 
 
534 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.81 
 
 
581 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  31.19 
 
 
1061 aa  63.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.79 
 
 
1027 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
503 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 
1238 aa  62.8  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
913 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
894 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.530834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>