260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2411 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
260 aa  530  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  75.77 
 
 
268 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.31 
 
 
264 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.8 
 
 
265 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  61.24 
 
 
259 aa  322  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  60.08 
 
 
262 aa  311  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.62 
 
 
264 aa  295  4e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  56.2 
 
 
262 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.81 
 
 
258 aa  290  1e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  55.81 
 
 
260 aa  270  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.54 
 
 
259 aa  258  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  53.88 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  33.87 
 
 
250 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.35 
 
 
256 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  31.56 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  38.24 
 
 
260 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  30.7 
 
 
258 aa  96.3  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  44.53 
 
 
257 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  32.09 
 
 
258 aa  94  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  43.97 
 
 
267 aa  92.4  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 
258 aa  92  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  28.68 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  30.52 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  29.39 
 
 
280 aa  89  6e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  38.89 
 
 
261 aa  88.6  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  38.89 
 
 
261 aa  88.6  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  31.01 
 
 
263 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  37.98 
 
 
260 aa  86.7  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  28.46 
 
 
260 aa  87  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  28.79 
 
 
264 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.36 
 
 
312 aa  86.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  38.76 
 
 
260 aa  85.9  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  38.84 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  28.86 
 
 
256 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  31.27 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  41.53 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  32.27 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  31.36 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  29.8 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  33.49 
 
 
260 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  41.9 
 
 
273 aa  82.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  37.23 
 
 
259 aa  82  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  31.82 
 
 
258 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  31.95 
 
 
270 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  34.09 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  27.64 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0113296  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.19 
 
 
260 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  40.8 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  29.46 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  31.82 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  31.82 
 
 
258 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  39.81 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  32.61 
 
 
301 aa  79  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 
260 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  29.09 
 
 
258 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  37.19 
 
 
260 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  32.5 
 
 
258 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  40.95 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  32.5 
 
 
258 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
258 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  29.95 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  29.09 
 
 
257 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  36.44 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 
256 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  35.51 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  36.44 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  29.57 
 
 
269 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.87 
 
 
293 aa  77.4  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  33.14 
 
 
265 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  36.44 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  36.44 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  35.51 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  36.13 
 
 
266 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  35.82 
 
 
260 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  40.95 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  36.07 
 
 
260 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  35.4 
 
 
265 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  31.87 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  34.92 
 
 
256 aa  76.3  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  30.8 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  34.75 
 
 
258 aa  76.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  29.57 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5812  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.21 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  35.07 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  37.21 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.61 
 
 
289 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  27.27 
 
 
273 aa  75.1  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  40.54 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  31.55 
 
 
260 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  31.88 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>