More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_0906 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
292 aa  596  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  85.32 
 
 
293 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  78.35 
 
 
292 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  78.35 
 
 
292 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  77.32 
 
 
292 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  76.71 
 
 
292 aa  458  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.28 
 
 
305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  46.38 
 
 
311 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
311 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 
311 aa  250  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 
293 aa  248  8e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  48.7 
 
 
293 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.45 
 
 
298 aa  245  6e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  46.13 
 
 
303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  46.4 
 
 
284 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  44.25 
 
 
288 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  46.74 
 
 
285 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
287 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
287 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
290 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
290 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
290 aa  229  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  47.96 
 
 
291 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  42.12 
 
 
296 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.89 
 
 
340 aa  218  8.999999999999998e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  44.69 
 
 
301 aa  217  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  41.95 
 
 
295 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  43.4 
 
 
297 aa  215  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  42.75 
 
 
299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  43.87 
 
 
297 aa  215  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  43.87 
 
 
297 aa  215  8e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  43.49 
 
 
297 aa  214  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  44.94 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  43.98 
 
 
296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  42.26 
 
 
295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  43.61 
 
 
296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  42.45 
 
 
301 aa  212  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  42.28 
 
 
295 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  40.67 
 
 
300 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
298 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  41.33 
 
 
303 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  41.95 
 
 
299 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.06 
 
 
303 aa  204  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  41.38 
 
 
306 aa  202  5e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  39.85 
 
 
299 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  41.37 
 
 
300 aa  202  6e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  40.96 
 
 
303 aa  201  8e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  42.32 
 
 
301 aa  202  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.06 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  40.5 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  41.2 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  41.76 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  41.73 
 
 
286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  42.86 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.49 
 
 
326 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  41.76 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  41.39 
 
 
302 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  38.85 
 
 
299 aa  198  7e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  39.1 
 
 
299 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  40.59 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  39.47 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  39.47 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  38.35 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  40.22 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  38.72 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  38.46 
 
 
299 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  36.9 
 
 
300 aa  187  2e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.94 
 
 
307 aa  185  9e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  36.57 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  35.9 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.31 
 
 
307 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  36.94 
 
 
307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40 
 
 
290 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.09 
 
 
292 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.08 
 
 
300 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.08 
 
 
300 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.08 
 
 
300 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.08 
 
 
286 aa  175  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.08 
 
 
286 aa  175  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  38.78 
 
 
281 aa  175  7e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.5 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  36.65 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.26 
 
 
313 aa  172  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  33.71 
 
 
280 aa  172  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.13 
 
 
311 aa  172  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  36.02 
 
 
297 aa  172  5.999999999999999e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  33.94 
 
 
284 aa  169  4e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  35.25 
 
 
285 aa  169  4e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  34.59 
 
 
279 aa  169  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  34.1 
 
 
280 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  36.2 
 
 
309 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  37.64 
 
 
319 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  36.2 
 
 
309 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  35.36 
 
 
285 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  37.59 
 
 
283 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  35 
 
 
288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  36.98 
 
 
281 aa  166  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  35.23 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>