294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1411 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  100 
 
 
447 aa  912    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  51.69 
 
 
515 aa  395  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.12 
 
 
434 aa  333  3e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  39.02 
 
 
488 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  38.8 
 
 
488 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  41.23 
 
 
487 aa  314  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  38.17 
 
 
488 aa  309  8e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  40.22 
 
 
461 aa  302  8.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.9 
 
 
460 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.3 
 
 
498 aa  299  7e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  38.58 
 
 
444 aa  293  5e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  36.9 
 
 
448 aa  283  4.0000000000000003e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.55 
 
 
445 aa  278  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  37.33 
 
 
441 aa  277  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  37.55 
 
 
483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  40 
 
 
440 aa  268  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  38.88 
 
 
478 aa  256  6e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  36.88 
 
 
551 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  33.88 
 
 
421 aa  247  3e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  34.42 
 
 
610 aa  223  4.9999999999999996e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  30.72 
 
 
430 aa  207  4e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.93 
 
 
487 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
396 aa  170  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.93 
 
 
487 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.93 
 
 
487 aa  170  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.46 
 
 
479 aa  167  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  30.55 
 
 
471 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  30.33 
 
 
471 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.62 
 
 
487 aa  166  8e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.6 
 
 
477 aa  164  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.04 
 
 
452 aa  161  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  27.09 
 
 
478 aa  160  5e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  27.31 
 
 
477 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.07 
 
 
477 aa  158  2e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.91 
 
 
499 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.72 
 
 
491 aa  157  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.58 
 
 
436 aa  157  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.07 
 
 
476 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.97 
 
 
470 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.02 
 
 
486 aa  155  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.84 
 
 
474 aa  155  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.92 
 
 
504 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.5 
 
 
476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.26 
 
 
477 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03181  putative DNA photolyase  26.25 
 
 
478 aa  153  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.59 
 
 
490 aa  153  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.31 
 
 
478 aa  153  7e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.98 
 
 
484 aa  153  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  26.29 
 
 
434 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.34 
 
 
473 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  25.93 
 
 
504 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.22 
 
 
468 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.99 
 
 
471 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.29 
 
 
499 aa  152  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
477 aa  151  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.34 
 
 
473 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.31 
 
 
471 aa  150  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.93 
 
 
493 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.44 
 
 
487 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.34 
 
 
473 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.58 
 
 
477 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.34 
 
 
473 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.48 
 
 
463 aa  149  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.34 
 
 
473 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.69 
 
 
483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.81 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.82 
 
 
519 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.18 
 
 
472 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.82 
 
 
519 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.95 
 
 
435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.19 
 
 
518 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.02 
 
 
481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.84 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.16 
 
 
487 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.5 
 
 
472 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.74 
 
 
476 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.58 
 
 
478 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.67 
 
 
519 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.65 
 
 
481 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.83 
 
 
479 aa  146  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.43 
 
 
473 aa  146  7.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  29.5 
 
 
473 aa  146  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.13 
 
 
493 aa  146  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.5 
 
 
472 aa  146  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.1 
 
 
482 aa  146  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.5 
 
 
472 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  29.5 
 
 
456 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.22 
 
 
497 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.8 
 
 
481 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.7 
 
 
475 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 
472 aa  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.91 
 
 
493 aa  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.28 
 
 
472 aa  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.56 
 
 
483 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.37 
 
 
483 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.6 
 
 
476 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.59 
 
 
475 aa  144  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.73 
 
 
499 aa  143  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  29.54 
 
 
483 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.74 
 
 
475 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>