More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_2452 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  356  9.999999999999999e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  45.45 
 
 
173 aa  162  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  51.63 
 
 
152 aa  162  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  43.93 
 
 
173 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  43.18 
 
 
172 aa  142  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  43.18 
 
 
172 aa  141  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  41.52 
 
 
172 aa  138  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
170 aa  123  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.95 
 
 
172 aa  121  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
175 aa  112  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  35.12 
 
 
176 aa  111  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  35.12 
 
 
176 aa  111  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
175 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 
171 aa  110  7.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
175 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
175 aa  110  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
176 aa  109  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
178 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
179 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 
179 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
178 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
178 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
172 aa  106  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
178 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 
171 aa  106  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  36.94 
 
 
182 aa  104  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
189 aa  104  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
178 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  31.84 
 
 
202 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
168 aa  102  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  34.36 
 
 
175 aa  102  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  36.25 
 
 
182 aa  101  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
167 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
167 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  36.25 
 
 
182 aa  101  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
165 aa  101  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 
174 aa  101  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  100  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  100  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  100  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  35.52 
 
 
181 aa  100  7e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  100  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  34.94 
 
 
171 aa  100  9e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  35.62 
 
 
182 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
165 aa  100  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
182 aa  100  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
182 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
183 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
167 aa  99.8  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 
172 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  99.8  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 
170 aa  99.8  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  35.22 
 
 
175 aa  99.8  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 
187 aa  99.4  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
178 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
169 aa  98.2  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  98.6  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
209 aa  97.8  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
188 aa  97.4  8e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 
190 aa  97.1  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  31.64 
 
 
184 aa  97.1  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 
167 aa  97.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
184 aa  97.1  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
169 aa  96.7  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
178 aa  96.7  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  36.91 
 
 
182 aa  96.7  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
172 aa  95.9  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
176 aa  95.5  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  31.71 
 
 
176 aa  95.5  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  31.71 
 
 
176 aa  95.5  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 
169 aa  95.1  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.37 
 
 
176 aa  95.1  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  30.3 
 
 
189 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 
176 aa  95.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 
182 aa  95.1  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 
177 aa  95.1  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
172 aa  94.7  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
179 aa  94.7  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  35.57 
 
 
182 aa  94.4  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  31.84 
 
 
213 aa  94.4  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
176 aa  94  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>