More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3959 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  95.74 
 
 		 399 aa  753    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 399 aa  813    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  57.32 
 
 		 407 aa  462  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  52.36 
 
 		 408 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  51.87 
 
 		 405 aa  421  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  46.56 
 
 		 400 aa  361  1e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.68 
 
 		 422 aa  93.6  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1154  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 		 856 aa  91.7  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  26.15 
 
 		 560 aa  90.1  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  24.21 
 
 		 561 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0527  putative sensor with HAMP domain protein  26.04 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 		 656 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.574957  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4502  putative sensor with HAMP domain protein  23.23 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4551  putative sensor with HAMP domain  23.39 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  24.56 
 
 		 715 aa  77.4  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 		 604 aa  76.3  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000197924  normal  0.403449 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  27.75 
 
 		 197 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  26.25 
 
 		 562 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0018  metal dependent phosphohydrolase  29.26 
 
 		 481 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.161625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  25.65 
 
 		 582 aa  73.9  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  25.8 
 
 		 572 aa  73.2  0.000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0085  sensor protein  24.4 
 
 		 300 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00149715  normal  0.0726608 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  28.5 
 
 		 801 aa  71.6  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0276  putative sensor with HAMP domain  24.54 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.529907 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0276  putative sensor with HAMP domain protein  24.54 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3116  histidine kinase  23.38 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.81 
 
 		 1064 aa  68.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.08 
 
 		 827 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0105  hypothetical protein  23.56 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3665  putative sensor with HAMP domain  23.72 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.15 
 
 		 862 aa  68.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11300  signal transduction histidine kinase  23.5 
 
 		 556 aa  68.9  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4236  sensor protein  25.98 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2092  histidine kinase  23.02 
 
 		 534 aa  68.2  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865135  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  26.51 
 
 		 524 aa  67.8  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.19 
 
 		 561 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.182871  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.64 
 
 		 1271 aa  66.6  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.33 
 
 		 546 aa  66.6  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  27.45 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  23.74 
 
 		 800 aa  66.2  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2263  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.8 
 
 		 632 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  25.51 
 
 		 774 aa  64.3  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 839 aa  64.3  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  25.51 
 
 		 774 aa  64.3  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0347  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.17 
 
 		 614 aa  63.5  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.93 
 
 		 603 aa  63.5  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.6 
 
 		 700 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0784998 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  32.77 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  28.42 
 
 		 187 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  26.42 
 
 		 193 aa  62.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4067  sensor protein  26.45 
 
 		 290 aa  62.4  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000038366 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5258  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 		 611 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.197794  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  25.96 
 
 		 748 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  25.81 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.36 
 
 		 573 aa  60.8  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.17 
 
 		 597 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0300  putative sensor with HAMP domain  23.37 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.168861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 		 738 aa  60.5  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.35 
 
 		 733 aa  60.5  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 		 771 aa  60.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0283  putative sensor with HAMP domain  24.87 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0106  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 		 633 aa  60.5  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  24.11 
 
 		 487 aa  60.1  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  26.45 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.61 
 
 		 491 aa  59.7  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0383  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.47 
 
 		 700 aa  59.7  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.424843  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 619 aa  59.7  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.402475  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3167  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 		 678 aa  59.7  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  26.04 
 
 		 835 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.46 
 
 		 564 aa  59.7  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 746 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 		 779 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3876  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.38 
 
 		 1022 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  25.11 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.37 
 
 		 858 aa  58.9  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.46 
 
 		 807 aa  59.3  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5571  sensory box histidine kinase YycG  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.51773e-30 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2533  sensory box histidine kinase YycG  24.35 
 
 		 610 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5614  sensory box histidine kinase YycG  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5318  sensory box histidine kinase YycG  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5649  sensory box histidine kinase YycG  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0306249  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5146  sensor histidine kinase  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5162  sensor histidine kinase  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 		 736 aa  58.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5714  sensory box histidine kinase YycG  27.16 
 
 		 613 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0019  PAS sensor protein  22.73 
 
 		 608 aa  58.2  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2257  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.23 
 
 		 603 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0019  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.73 
 
 		 608 aa  58.2  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 		 845 aa  58.2  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  23.94 
 
 		 655 aa  58.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.64 
 
 		 720 aa  56.6  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000136561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3657  putative sensor with HAMP domain protein  24.41 
 
 		 355 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  28.46 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2921  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 		 589 aa  56.2  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5347  sensory box histidine kinase YycG  25.93 
 
 		 613 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000719997  hitchhiker  0.000000000000990225 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  27.88 
 
 		 186 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1953  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 632 aa  55.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 748 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5588  sensory box histidine kinase YycG  25.93 
 
 		 613 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.8382  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1728  sensory box histidine kinase  26.97 
 
 		 571 aa  56.2  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00635742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>