39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4438 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  100 
 
 		 187 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  42.02 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  43.21 
 
 		 202 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  42.94 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2376  cytochrome c family protein  45.57 
 
 		 193 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  40.11 
 
 		 185 aa  130  9e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  42.86 
 
 		 186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01960  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 188 aa  129  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0720592  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3151  hypothetical protein  42.58 
 
 		 193 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0806  hypothetical protein  39.27 
 
 		 200 aa  121  5e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2310  cytochrome c family protein  38.79 
 
 		 192 aa  121  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3429  hypothetical protein  40.45 
 
 		 195 aa  118  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3727  hypothetical protein  41.61 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1977  hypothetical protein  38.76 
 
 		 214 aa  115  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3995  hypothetical protein  42.67 
 
 		 187 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.420814  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0245  hypothetical protein  36.71 
 
 		 199 aa  108  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  40.27 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0603  hypothetical protein  35.53 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03805  cytochrome c family protein, putative  36.81 
 
 		 200 aa  102  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4079  cytochrome c family protein  37.16 
 
 		 188 aa  97.1  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0055  cytochrome c family protein  35.95 
 
 		 193 aa  96.3  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  31.79 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  30.57 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  29.3 
 
 		 408 aa  61.2  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  31.3 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 		 399 aa  59.3  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  26.57 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  26.29 
 
 		 405 aa  52  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.03 
 
 		 720 aa  51.2  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000136561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 1271 aa  50.8  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  28.46 
 
 		 400 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  29.75 
 
 		 422 aa  48.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  22.58 
 
 		 561 aa  47.4  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 539 aa  46.2  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  25.2 
 
 		 572 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  23.58 
 
 		 562 aa  42.7  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 		 897 aa  42  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  28.7 
 
 		 655 aa  42  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3765  hypothetical protein  32.99 
 
 		 252 aa  40.8  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>