40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0245 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0245  hypothetical protein  100 
 
 		 199 aa  410  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0055  cytochrome c family protein  40.24 
 
 		 193 aa  122  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4079  cytochrome c family protein  36.88 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  36.71 
 
 		 187 aa  108  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  36.61 
 
 		 185 aa  105  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2376  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  30.37 
 
 		 193 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  31.4 
 
 		 200 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3151  hypothetical protein  36.49 
 
 		 193 aa  99.8  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1977  hypothetical protein  32.34 
 
 		 214 aa  92  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2310  cytochrome c family protein  33.85 
 
 		 192 aa  91.3  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  33.33 
 
 		 202 aa  85.9  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  33.95 
 
 		 186 aa  83.2  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3429  hypothetical protein  29.47 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  24.68 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  29.7 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01960  cytochrome c family protein  30.63 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0720592  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3995  hypothetical protein  30.13 
 
 		 187 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.420814  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0806  hypothetical protein  26.16 
 
 		 200 aa  66.2  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3727  hypothetical protein  29.75 
 
 		 203 aa  62  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0603  hypothetical protein  28.29 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03805  cytochrome c family protein, putative  26.8 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 		 1064 aa  56.6  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  33.07 
 
 		 405 aa  56.2  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  27.16 
 
 		 407 aa  52  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  27.56 
 
 		 399 aa  51.2  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  27.56 
 
 		 399 aa  50.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  32.05 
 
 		 582 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  31.5 
 
 		 561 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  31.25 
 
 		 183 aa  49.7  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  28.95 
 
 		 408 aa  48.9  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1154  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.52 
 
 		 856 aa  48.9  0.00005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  22.92 
 
 		 400 aa  45.4  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 		 656 aa  44.7  0.0008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.574957  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  23.13 
 
 		 715 aa  43.9  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  25 
 
 		 432 aa  42.4  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 		 1184 aa  42  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  25.81 
 
 		 572 aa  42  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  24.79 
 
 		 432 aa  41.6  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.06 
 
 		 897 aa  41.6  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>