58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3910 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  100 
 
 		 200 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  45.6 
 
 		 193 aa  181  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3151  hypothetical protein  47.37 
 
 		 193 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1977  hypothetical protein  48.12 
 
 		 214 aa  155  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2376  cytochrome c family protein  45.22 
 
 		 193 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0806  hypothetical protein  41.52 
 
 		 200 aa  151  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  41.25 
 
 		 202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  42.02 
 
 		 187 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3429  hypothetical protein  45.56 
 
 		 195 aa  146  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2310  cytochrome c family protein  40.96 
 
 		 192 aa  144  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  40 
 
 		 186 aa  143  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3995  hypothetical protein  44.9 
 
 		 187 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.420814  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03805  cytochrome c family protein, putative  42.49 
 
 		 200 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01960  cytochrome c family protein  42.04 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0720592  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0603  hypothetical protein  38.79 
 
 		 194 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  35.54 
 
 		 185 aa  121  8e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  33.51 
 
 		 197 aa  111  8.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0055  cytochrome c family protein  34.71 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4079  cytochrome c family protein  41.41 
 
 		 188 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3727  hypothetical protein  36.98 
 
 		 203 aa  107  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0245  hypothetical protein  31.4 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  35.85 
 
 		 187 aa  99.4  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  30.05 
 
 		 405 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  27.14 
 
 		 422 aa  65.1  0.0000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  29.23 
 
 		 572 aa  63.2  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  27.92 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1154  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.84 
 
 		 856 aa  58.5  0.00000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  27.64 
 
 		 399 aa  57  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 459 aa  57.4  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.4 
 
 		 700 aa  56.2  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0784998 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  28.46 
 
 		 399 aa  56.2  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  28.29 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 807 aa  53.9  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  29.27 
 
 		 400 aa  53.9  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0383  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.75 
 
 		 700 aa  53.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.424843  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 1271 aa  53.5  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  27.42 
 
 		 582 aa  52  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  25.81 
 
 		 561 aa  50.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.43 
 
 		 655 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 432 aa  50.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  26.05 
 
 		 408 aa  50.4  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  27.64 
 
 		 715 aa  49.7  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  27.37 
 
 		 562 aa  48.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 432 aa  47.8  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1292  histidine kinase  28.46 
 
 		 498 aa  46.2  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.0780099999999995e-22 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.46 
 
 		 603 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 		 546 aa  45.8  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  28.7 
 
 		 982 aa  45.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  26.98 
 
 		 560 aa  45.8  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  27.78 
 
 		 524 aa  45.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.91 
 
 		 583 aa  45.1  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2263  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 		 632 aa  43.5  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 1184 aa  43.5  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 		 1184 aa  42.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2430  histidine kinase  29.7 
 
 		 629 aa  43.1  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.73405  normal  0.136698 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1953  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 632 aa  42.4  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2092  histidine kinase  23.96 
 
 		 534 aa  42  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 		 897 aa  41.6  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>