49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2376 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2376  cytochrome c family protein  100 
 
 		 193 aa  387  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3151  hypothetical protein  65.28 
 
 		 193 aa  235  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2310  cytochrome c family protein  47.54 
 
 		 192 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  47.77 
 
 		 193 aa  157  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  41.05 
 
 		 200 aa  153  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3429  hypothetical protein  41.49 
 
 		 195 aa  146  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  41.34 
 
 		 202 aa  144  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0806  hypothetical protein  36.82 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  42.94 
 
 		 187 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0603  hypothetical protein  43.64 
 
 		 194 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  43.64 
 
 		 185 aa  134  7.000000000000001e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01960  cytochrome c family protein  43.33 
 
 		 188 aa  131  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0720592  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  39.22 
 
 		 186 aa  128  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3995  hypothetical protein  46.15 
 
 		 187 aa  125  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.420814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1977  hypothetical protein  36.05 
 
 		 214 aa  121  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3727  hypothetical protein  36.79 
 
 		 203 aa  118  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0055  cytochrome c family protein  36.57 
 
 		 193 aa  115  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03805  cytochrome c family protein, putative  37.5 
 
 		 200 aa  114  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  37.5 
 
 		 197 aa  111  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0245  hypothetical protein  34.18 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4079  cytochrome c family protein  37.59 
 
 		 188 aa  105  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  39.57 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  27.98 
 
 		 582 aa  70.5  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  27.75 
 
 		 561 aa  67  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  33.03 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.78 
 
 		 422 aa  57  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  28.03 
 
 		 407 aa  57  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  28.74 
 
 		 405 aa  55.5  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.93 
 
 		 1184 aa  54.3  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  34.83 
 
 		 572 aa  52  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  30.59 
 
 		 408 aa  51.6  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  24.69 
 
 		 399 aa  50.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  30.34 
 
 		 562 aa  50.4  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  26.72 
 
 		 399 aa  48.9  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  29.91 
 
 		 400 aa  47.8  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1154  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 		 856 aa  47.4  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 		 807 aa  46.6  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.67 
 
 		 573 aa  47  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  30 
 
 		 560 aa  45.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 		 1184 aa  45.1  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2092  histidine kinase  22.6 
 
 		 534 aa  44.7  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865135  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 432 aa  43.9  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11300  signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 		 556 aa  43.1  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 		 1131 aa  43.1  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 546 aa  43.1  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.85 
 
 		 597 aa  42.4  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1292  histidine kinase  29.73 
 
 		 498 aa  42.4  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.0780099999999995e-22 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1271 aa  42  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.09 
 
 		 603 aa  41.6  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>