45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1977 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1977  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  440  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3910  hypothetical protein  48.12 
 
 		 200 aa  155  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.714932  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1290  hypothetical protein  42.61 
 
 		 202 aa  154  7e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3429  hypothetical protein  42.69 
 
 		 195 aa  140  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01960  cytochrome c family protein  41.86 
 
 		 188 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0720592  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1881  hypothetical protein  42.14 
 
 		 193 aa  134  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1430  hypothetical protein  39.74 
 
 		 186 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3151  hypothetical protein  38.99 
 
 		 193 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03805  cytochrome c family protein, putative  40.48 
 
 		 200 aa  122  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2376  cytochrome c family protein  36.26 
 
 		 193 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0806  hypothetical protein  39.64 
 
 		 200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3995  hypothetical protein  41.61 
 
 		 187 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.420814  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4438  hypothetical protein  38.76 
 
 		 187 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.149521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2310  cytochrome c family protein  35.38 
 
 		 192 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0055  cytochrome c family protein  39.29 
 
 		 193 aa  113  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0918  cytochrome c family protein  37.06 
 
 		 185 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.155788  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4079  cytochrome c family protein  39.1 
 
 		 188 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0603  hypothetical protein  37.11 
 
 		 194 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3727  hypothetical protein  35.11 
 
 		 203 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0137  hypothetical protein  31.75 
 
 		 197 aa  95.9  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0663303  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0245  hypothetical protein  32.34 
 
 		 199 aa  92  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3428  cytochrome c family protein, putative  36.36 
 
 		 187 aa  91.7  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0264  hypothetical protein  26.67 
 
 		 183 aa  62  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543929  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.51 
 
 		 422 aa  61.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  30.91 
 
 		 407 aa  58.9  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  26.96 
 
 		 400 aa  58.5  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  31.19 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  32.48 
 
 		 399 aa  54.3  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 399 aa  53.9  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  31.82 
 
 		 408 aa  53.1  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1154  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.17 
 
 		 856 aa  51.2  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 546 aa  47  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.19 
 
 		 807 aa  47  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 897 aa  46.2  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  26.11 
 
 		 561 aa  45.4  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  28.15 
 
 		 655 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2263  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 632 aa  44.3  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.71 
 
 		 1271 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.25 
 
 		 700 aa  43.9  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0784998 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.65 
 
 		 603 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  29.87 
 
 		 560 aa  42.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0383  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.47 
 
 		 700 aa  42.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.424843  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  29.13 
 
 		 982 aa  42  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1953  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 632 aa  42  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  26.55 
 
 		 539 aa  42  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>