More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2476 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2476  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  613  9.999999999999999e-175  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.942555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6799  transcriptional regulator, LysR family  53.92 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.927236 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3625  transcriptional regulator, LysR family  54.02 
 
 		 309 aa  300  3e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1659  transcriptional regulator, LysR family  52.77 
 
 		 313 aa  295  5e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.362999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6954  transcriptional regulator, LysR family  53.21 
 
 		 306 aa  295  6e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3644  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 327 aa  121  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4573  Transcriptional regulator-like protein  34.6 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  0.0733806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0374  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.492908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7048  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  34.15 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.8 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  32.41 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0681  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000325091  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.13 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  34.78 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  27.78 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  29.72 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  31.96 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0332  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  32.64 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0989  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  35.95 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1033  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.23 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4333  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 318 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>