More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4027 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4027  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 275 aa  560  1e-158  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5616  LuxR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0605675  normal  0.548217 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0925  LuxR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.177236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2115  transcriptional regulator, LuxR family  29.84 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.14 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0717  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.854815  normal  0.189113 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.96 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1399  transcriptional regulator NarL  40.24 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0261138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.93 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4366  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  50 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  47.54 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2881  response regulator receiver  38.1 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00126066  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4062  two component LuxR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0448793  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  49.06 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  49.09 
 
 		 215 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17930  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  44.93 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.265474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  50.94 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  50.94 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  48.98 
 
 		 213 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 244 aa  57  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 219 aa  57  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.98 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1617  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.2 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321528  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.15 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4064  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4530  two component LuxR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470183 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2880  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0080  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8243  response regulator receiver protein  36.05 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.931194  normal  0.230681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1389  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 206 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.744509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2742  LuxR response regulator receiver  41.38 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3378  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 249 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.394495  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  49.09 
 
 		 919 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 211 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1495  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 207 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194449  normal  0.395611 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10690  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 215 aa  54.7  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.26 
 
 		 217 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  61.22 
 
 		 205 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4012  transcriptional regulator NarL  42.86 
 
 		 214 aa  53.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  40 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 211 aa  54.7  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4183  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 220 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5911  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2497  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000315398  normal  0.0281112 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  50.79 
 
 		 886 aa  54.3  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1611  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 208 aa  53.9  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.548364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0424  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 223 aa  53.9  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.67 
 
 		 213 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5613  transcriptional regulator, LuxR family  47.76 
 
 		 238 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3589  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 210 aa  53.9  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.993543  normal  0.0443312 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3502  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1067  transcriptional regulator, LuxR family  37.78 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.506731 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 220 aa  53.9  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 219 aa  53.9  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4147  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 218 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2302  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 		 226 aa  53.9  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0191252  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4386  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.34 
 
 		 214 aa  53.9  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0433  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  53.9  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3116  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 215 aa  53.5  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  34.48 
 
 		 219 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 191 aa  53.5  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 230 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1932  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 236 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3086  LuxR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0642  putative response regulator  45.9 
 
 		 217 aa  53.5  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  53.1  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38490  Response regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 215 aa  52.8  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  37.37 
 
 		 215 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  37.37 
 
 		 215 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2591  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 235 aa  53.1  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211381  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7042  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 237 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3632  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 209 aa  53.1  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00835522  normal  0.0174868 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 226 aa  53.1  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1633  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 241 aa  53.1  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  50 
 
 		 213 aa  53.1  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  37.37 
 
 		 215 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 240 aa  53.1  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>