More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1095 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1095  phage integrase  100 
 
 		 242 aa  483  1e-136  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3501  integrase family protein  44.91 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1515  integrase family protein  45.58 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3692  integrase family protein  40.09 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.859862 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1619  integrase family protein  39.55 
 
 		 325 aa  153  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  41.31 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0214  site-specific recombinase XerD  39.79 
 
 		 277 aa  139  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0272  phage integrase family site specific recombinase  33.49 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0295  phage integrase family site specific recombinase  33.49 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0905  phage integrase family site specific recombinase  33.49 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  33.03 
 
 		 319 aa  128  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6221  site-specific recombinase XerD-like protein  48.59 
 
 		 142 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  41.67 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0116  site-specific recombinase XerD-like  45.67 
 
 		 127 aa  113  3e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.5944 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  32.73 
 
 		 302 aa  102  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  32.27 
 
 		 302 aa  101  9e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  31.82 
 
 		 302 aa  99  6e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  26.55 
 
 		 332 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  26.73 
 
 		 301 aa  95.5  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0967  phage integrase family protein  30.05 
 
 		 324 aa  95.1  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 312 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 312 aa  89.4  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  28.7 
 
 		 312 aa  89  6e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.41 
 
 		 295 aa  88.2  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0196  integrase family protein  33.92 
 
 		 328 aa  87.4  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000565414 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  33.33 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  28.5 
 
 		 295 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  30.09 
 
 		 305 aa  85.5  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3052  phage integrase  46.94 
 
 		 289 aa  85.5  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.378569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  34.72 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  28.64 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3738  prophage LambdaBa03, site-specific recombinase, phage integrase family  26.09 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000543556  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.11 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0056  phage integrase family protein  27.88 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  34.34 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  33.85 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 301 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  24.88 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 317 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.15 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  31.07 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  27.85 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  30.24 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  31.79 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  29.29 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  28.71 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.39 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.37 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  32.5 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  30.73 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  29.23 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  29.74 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.77 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  32.47 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  25.12 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  27.18 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  30.61 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  32.32 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.92 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  32.29 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.92 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  26.51 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.91 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  25.12 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.97 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.02 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.66 
 
 		 318 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.73 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.66 
 
 		 318 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 321 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.66 
 
 		 318 aa  78.6  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  32.79 
 
 		 294 aa  78.6  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>