More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1382 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
285 aa  565  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13305  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.79 
 
 
283 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  53.66 
 
 
298 aa  281  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.03 
 
 
278 aa  281  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.1 
 
 
268 aa  277  1e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 
280 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.43 
 
 
279 aa  273  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.78 
 
 
274 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.858995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.89 
 
 
287 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00381914  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0258  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.88 
 
 
274 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.750925 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.52 
 
 
284 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.65192 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.17 
 
 
285 aa  258  6e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0792607  normal  0.95709 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.5 
 
 
294 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3552  ABC transporter membrane spanning protein  51.45 
 
 
285 aa  255  5e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0625026  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.48 
 
 
267 aa  251  9.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318809  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.85 
 
 
274 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0627389  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 
276 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7480  ABC transporter permease  58.58 
 
 
271 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.477102  normal  0.131238 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3414  ATP-binding protein of ABC transporter  56.07 
 
 
280 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2015  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  48.83 
 
 
252 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.9 
 
 
298 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.433007  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
264 aa  216  4e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
264 aa  216  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.39 
 
 
260 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.233018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  47.5 
 
 
262 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
262 aa  209  4e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
267 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417353 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3210  ABC transporter, permease protein  49.58 
 
 
267 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.21 
 
 
254 aa  202  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.404323  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
252 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21476  normal  0.0147088 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17280  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  34.66 
 
 
325 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.158115  normal  0.544115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0253714  normal  0.258175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
254 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.45 
 
 
283 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752734  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
317 aa  124  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0255815  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.5 
 
 
258 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
273 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
453 aa  122  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal  0.331928 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.94 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
274 aa  116  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000362296  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
260 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
274 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.26 
 
 
281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.56 
 
 
253 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
257 aa  114  3e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  32.08 
 
 
266 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
271 aa  113  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3166  ABC transporter, inner membrane subunit  31.58 
 
 
281 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  32.08 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.13 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.4 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  30.04 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02100  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  31.94 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  27.39 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
250 aa  110  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
250 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.07 
 
 
263 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
253 aa  109  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  30.96 
 
 
251 aa  108  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
249 aa  108  1e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.6 
 
 
255 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.26 
 
 
284 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0111  ABC transporter related  34.4 
 
 
493 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.89 
 
 
257 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
300 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000896674  normal  0.103005 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
265 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  32 
 
 
247 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
272 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
247 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.42 
 
 
258 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
250 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26 
 
 
268 aa  106  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3460  ABC transporter membrane spanning protein  31.32 
 
 
288 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  31.7 
 
 
250 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.6 
 
 
255 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 
264 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.32312  normal  0.0411868 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  32.14 
 
 
250 aa  106  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
258 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  32.14 
 
 
250 aa  106  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  32.14 
 
 
250 aa  106  6e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 
256 aa  105  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  32.14 
 
 
250 aa  106  6e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.95 
 
 
259 aa  106  6e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
257 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
251 aa  105  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
263 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.120198  normal  0.916816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
270 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
251 aa  103  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  31.7 
 
 
251 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  28.19 
 
 
265 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>