More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0620 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
258 aa  494  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.25 
 
 
257 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.54 
 
 
254 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
274 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.74 
 
 
284 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  40.34 
 
 
266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
281 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  38.91 
 
 
266 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  39.3 
 
 
265 aa  169  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
257 aa  168  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
282 aa  162  6e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
258 aa  161  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121812  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
283 aa  161  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  43.33 
 
 
247 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
247 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0488  putative binding protein-dependent transport system, membrane component  39.68 
 
 
272 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.970837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
256 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
273 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  37.34 
 
 
251 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.18 
 
 
261 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.03 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  36.67 
 
 
287 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
258 aa  155  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
250 aa  154  9e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
255 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
268 aa  153  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  34.48 
 
 
257 aa  151  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
271 aa  150  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
268 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
256 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
256 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
246 aa  149  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  33.62 
 
 
265 aa  149  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
257 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
255 aa  149  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 
255 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
255 aa  149  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  34.76 
 
 
257 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
259 aa  148  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  33.62 
 
 
257 aa  148  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  33.62 
 
 
257 aa  148  9e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  33.62 
 
 
257 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
245 aa  148  9e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
255 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  33.62 
 
 
265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  33.62 
 
 
265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  33.88 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
265 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
258 aa  143  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  35.51 
 
 
298 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0211  ABC transporter, permease protein  35.89 
 
 
258 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
275 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  35.53 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0202  ABC transporter, permease protein  35.89 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
275 aa  139  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
280 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
285 aa  137  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0792607  normal  0.95709 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1643  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.77 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0353041  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
259 aa  135  4e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.318112 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
249 aa  135  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.04587  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
272 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0666  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
272 aa  135  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0817  ABC transporter related protein  37.07 
 
 
492 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.309085  normal  0.730271 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00381914  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
238 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.98825  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
254 aa  132  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
299 aa  132  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
254 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
267 aa  131  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318809  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0942  ABC transporter, inner membrane subunit  35.1 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1473  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0644  ABC transporter, inner membrane subunit  41.35 
 
 
238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
258 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
270 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
238 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0792355  normal  0.132671 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.107448 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  32.53 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.81 
 
 
260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  35.46 
 
 
262 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
277 aa  126  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.61 
 
 
222 aa  126  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3166  ABC transporter, inner membrane subunit  35.14 
 
 
281 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
284 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.65192 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3124  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
255 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
267 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417353 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
281 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>