More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3093 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
259 aa  507  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
258 aa  268  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121812  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
257 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
257 aa  195  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
254 aa  191  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.79 
 
 
284 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
274 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0454164  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
246 aa  168  8e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
263 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.88688  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5406  ABC transporter membrane spanning protein  34.8 
 
 
251 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.03 
 
 
258 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
265 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000457845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  34.85 
 
 
279 aa  151  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
254 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
264 aa  149  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
256 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
268 aa  148  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.223421 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0354  ABC transporter, permease  32.62 
 
 
265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318809  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0240883  normal  0.166534 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0446  putative ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
257 aa  145  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
256 aa  145  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4878  putative ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
255 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0424  putative ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
257 aa  145  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0381  ABC transporter permease  31.76 
 
 
257 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
282 aa  145  6e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0491  ABC transporter, permease protein, putative  31.76 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0367  ABC transporter permease  31.76 
 
 
265 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0357  ABC transporter, permease  31.76 
 
 
265 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0493  putative ABC transporter, permease protein  31.33 
 
 
257 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
255 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
255 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  35.86 
 
 
282 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
283 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0441349  normal  0.902161 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2545  binding-protein-dependent transport system protein  33.61 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240068  normal  0.521676 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.54 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.323499  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
247 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  33.47 
 
 
250 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  32.52 
 
 
266 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  32.67 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
272 aa  138  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848141 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  33.07 
 
 
250 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  33.07 
 
 
250 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
250 aa  137  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  33.07 
 
 
250 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  33.07 
 
 
250 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
253 aa  138  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
277 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  33.76 
 
 
250 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
251 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  32.11 
 
 
266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13670  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  29.83 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
258 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0347556  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
282 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0528385  normal  0.0939424 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  32.67 
 
 
251 aa  135  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  32.67 
 
 
251 aa  135  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2376  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  31.15 
 
 
265 aa  135  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
270 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
268 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.101401  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0666  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2015  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  35.51 
 
 
252 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1263  ABC transporter permease  35.42 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165267 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 
254 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
250 aa  133  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
292 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  35.24 
 
 
247 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
260 aa  132  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.566245  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3166  ABC transporter, inner membrane subunit  34.57 
 
 
281 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
256 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
260 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112184  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
268 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.208081  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
267 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
222 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417353 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0801  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  33.61 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0745387  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3210  ABC transporter, permease protein  33.9 
 
 
267 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.025765  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
295 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3124  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
255 aa  125  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
288 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752734  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
256 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
285 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
285 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>