More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0604 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 		 341 aa  665    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  53.56 
 
 		 327 aa  285  7e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  51.88 
 
 		 315 aa  262  6.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  44.79 
 
 		 305 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.81 
 
 		 526 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  44.59 
 
 		 326 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.68 
 
 		 304 aa  212  9e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44.11 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.52 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.38 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.18 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.03 
 
 		 325 aa  208  9e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 		 331 aa  208  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.69 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.58 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  43.24 
 
 		 334 aa  206  6e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.07 
 
 		 318 aa  204  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  41.72 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  42.95 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.37 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 314 aa  203  4e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  38.63 
 
 		 321 aa  202  7e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 356 aa  202  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 325 aa  202  9e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  46.76 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  41.53 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.85 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.75 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  42 
 
 		 344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 352 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.2 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  39.38 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.79 
 
 		 353 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  42.58 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  39.54 
 
 		 319 aa  199  5e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.25 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 377 aa  199  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.48 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  38.51 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.86 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.8 
 
 		 343 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 		 329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.08 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  43.36 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.43 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  38.55 
 
 		 352 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  41.1 
 
 		 331 aa  196  5.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  40.85 
 
 		 525 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.54 
 
 		 324 aa  196  6e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  41.41 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  41.75 
 
 		 304 aa  196  7e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 344 aa  196  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.92 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.59 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.26 
 
 		 323 aa  195  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  44.03 
 
 		 320 aa  195  1e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.89 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  39.43 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  39.43 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.05 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.43 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  39.43 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.43 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.12 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.12 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.37 
 
 		 350 aa  193  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  38.76 
 
 		 420 aa  193  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.2 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  40.46 
 
 		 352 aa  192  6e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.97 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  38.71 
 
 		 320 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  43.7 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.75 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  41.69 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  38.86 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.45 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 541 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  36.51 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  38.83 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.97 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  44.21 
 
 		 352 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  39.39 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.23 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.94 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>