More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5317 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5317  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
421 aa  863    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.64 
 
 
541 aa  363  3e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.32039  normal  0.384329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5555  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.27 
 
 
416 aa  359  4e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.786855  normal  0.0266117 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.29 
 
 
405 aa  356  3.9999999999999996e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1131  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.31 
 
 
373 aa  295  1e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2493  PAS sensor protein  40.61 
 
 
394 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0714891  decreased coverage  0.00496497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2761  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.46 
 
 
679 aa  244  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.47205 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1893  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.67 
 
 
644 aa  236  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
979 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 
490 aa  209  8e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0583  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.55 
 
 
816 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.412959  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.09 
 
 
1138 aa  205  1e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
1516 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1623  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
377 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.632325  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2237  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
381 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.5102  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2325  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
381 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.830525  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
484 aa  194  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3003  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 
498 aa  193  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 
1741 aa  192  8e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.65 
 
 
1178 aa  190  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 
656 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.16 
 
 
521 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.18 
 
 
387 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1114  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.88 
 
 
373 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2188  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
413 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
520 aa  180  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3714  histidine kinase  39.27 
 
 
438 aa  178  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  hitchhiker  0.000324406 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.53 
 
 
383 aa  178  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
846 aa  176  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0139  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.22 
 
 
1066 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
502 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  30.77 
 
 
823 aa  172  6.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
884 aa  172  7.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  32.57 
 
 
723 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4104  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 
557 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0461305 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  32.57 
 
 
723 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  27.44 
 
 
1629 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  32.49 
 
 
723 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
499 aa  170  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  32.57 
 
 
723 aa  170  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  32.49 
 
 
821 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  32.49 
 
 
821 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  32.49 
 
 
821 aa  170  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
368 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3806  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
533 aa  167  4e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.576691  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 
376 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.531352 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3854  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 
386 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
718 aa  166  9e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  27.89 
 
 
842 aa  165  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 
1043 aa  164  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.94 
 
 
697 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.68 
 
 
393 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.06 
 
 
1484 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  29.92 
 
 
812 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.15 
 
 
1406 aa  160  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
1258 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 
1068 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1522  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
389 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1495  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
389 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0066  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 
377 aa  157  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359193  normal  0.0132857 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3394  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
728 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.99137  normal  0.249099 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
1237 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2928  histidine kinase  37.76 
 
 
455 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0595  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
752 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3015  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
500 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2792  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 
930 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.111634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3829  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 
475 aa  150  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.821642 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.96 
 
 
1041 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2266  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
372 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00620911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1477  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 
511 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
1049 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1039  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
1259 aa  145  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 
657 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
880 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
1291 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.14 
 
 
1166 aa  144  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.78 
 
 
881 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
832 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2337  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
564 aa  144  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139979  normal  0.523633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.32 
 
 
1433 aa  143  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  40.08 
 
 
1105 aa  143  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  31.44 
 
 
1148 aa  143  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 
841 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
701 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0172  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 
395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 
1172 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2666  histidine kinase  32.23 
 
 
586 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0592074  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.58 
 
 
510 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.94557  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
639 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
634 aa  140  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.125308  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0962  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 
823 aa  140  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 
668 aa  139  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.9 
 
 
1058 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
958 aa  139  8.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2992  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 
680 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5380  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 
625 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00714338  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.84 
 
 
1301 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0080  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 
779 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0412  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 
695 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
885 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>