281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3589 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3589  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 612 aa  1266    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.512863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6416  Rhs element Vgr protein  28.91 
 
 		 617 aa  239  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0660  hypothetical protein  28.19 
 
 		 605 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.279373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5894  Rhs element Vgr protein  26.89 
 
 		 615 aa  194  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1796  Rhs element Vgr protein  28.4 
 
 		 619 aa  186  8e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4864  Rhs element Vgr protein  27.3 
 
 		 599 aa  182  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0846936  normal  0.155196 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3220  Rhs element Vgr protein  28.96 
 
 		 618 aa  167  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3260  Rhs element Vgr protein  24.68 
 
 		 602 aa  165  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386521  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4015  Rhs element Vgr protein  24.24 
 
 		 602 aa  158  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.211679  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4109  Rhs element Vgr protein  25.24 
 
 		 576 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0273732 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3931  Rhs element Vgr protein  23.65 
 
 		 616 aa  138  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.410968  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2817  Rhs element Vgr protein  23.69 
 
 		 593 aa  95.9  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5985  type VI secretion system Vgr family protein  21.18 
 
 		 641 aa  90.5  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  26.89 
 
 		 610 aa  89.4  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1051  Rhs element Vgr protein  23.38 
 
 		 594 aa  87.4  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  23.19 
 
 		 885 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5384  Rhs element Vgr protein  27.3 
 
 		 602 aa  85.9  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1932  type VI secretion system Vgr family protein  23.19 
 
 		 918 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0769  Rhs element Vgr protein  25.94 
 
 		 248 aa  85.1  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0676  Rhs element Vgr protein  29.44 
 
 		 596 aa  84.7  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5197  type VI secretion system Vgr family protein  23.01 
 
 		 837 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0918871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  25.37 
 
 		 790 aa  84  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2788  type VI secretion system Vgr family protein  23.78 
 
 		 889 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.154315 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1726  Rhs element Vgr protein  24.88 
 
 		 642 aa  82.4  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1663  Rhs element Vgr protein  27.24 
 
 		 589 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.485896  normal  0.191701 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5744  type VI secretion system Vgr family protein  24.61 
 
 		 920 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3609  Rhs element Vgr protein  26.21 
 
 		 574 aa  80.5  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  28.72 
 
 		 680 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2550  Rhs element Vgr protein  22.7 
 
 		 589 aa  78.6  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  28.08 
 
 		 693 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  26.15 
 
 		 680 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1682  Rhs element Vgr protein  22.59 
 
 		 589 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1906  Rhs element Vgr protein  28.8 
 
 		 606 aa  75.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0194585  hitchhiker  0.0014616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  26.15 
 
 		 680 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0369  Rhs element Vgr protein  28.64 
 
 		 596 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  27.65 
 
 		 678 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  28.57 
 
 		 578 aa  73.9  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0983  hypothetical protein  26.86 
 
 		 218 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.208742  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2595  Rhs element Vgr protein  23.25 
 
 		 912 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.43186  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  27.68 
 
 		 680 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  20.51 
 
 		 669 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0153  Rhs element Vgr protein  22.28 
 
 		 689 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  20.52 
 
 		 668 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  24.84 
 
 		 683 aa  71.2  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2888  hypothetical protein  22.16 
 
 		 668 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1042  phosphoserine phosphatase SerB  27.27 
 
 		 565 aa  70.9  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  25.94 
 
 		 702 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3003  Rhs element Vgr protein  28.02 
 
 		 598 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3927  Rhs element Vgr protein  27.62 
 
 		 604 aa  70.9  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00332693  hitchhiker  0.00450013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3155  Rhs element Vgr protein  22 
 
 		 581 aa  69.3  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  21.75 
 
 		 661 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  25.74 
 
 		 808 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  22.64 
 
 		 680 aa  67.8  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26590  hypothetical protein  24.72 
 
 		 599 aa  67.8  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0848935  normal  0.672502 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  21.18 
 
 		 683 aa  67.8  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  25.41 
 
 		 688 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  21.92 
 
 		 684 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1732  Rhs element Vgr protein  21.88 
 
 		 641 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520263 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1509  Rhs element Vgr protein  24.74 
 
 		 239 aa  65.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  21.27 
 
 		 687 aa  65.1  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  24.64 
 
 		 741 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  21.81 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  21.55 
 
 		 613 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  21.81 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0023  Rhs element Vgr protein  22.69 
 
 		 1041 aa  63.9  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  25.76 
 
 		 763 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  21.47 
 
 		 661 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  21.47 
 
 		 661 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1080  hypothetical protein  26.46 
 
 		 599 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.752206 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  21.47 
 
 		 661 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  21.47 
 
 		 661 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  20.83 
 
 		 777 aa  63.5  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  21.64 
 
 		 661 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0926  Rhs element Vgr protein  22.31 
 
 		 587 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.91076  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  25.89 
 
 		 611 aa  63.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3482  Rhs element Vgr protein  24.51 
 
 		 675 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0192027  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  24.35 
 
 		 735 aa  61.6  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0454  Rhs element Vgr protein  24.05 
 
 		 671 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0028  Rhs element Vgr protein  21.78 
 
 		 1207 aa  61.6  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.645983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5250  Rhs element Vgr protein  22.58 
 
 		 596 aa  61.6  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  31.11 
 
 		 968 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5597  Rhs element Vgr protein  24.69 
 
 		 1118 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  21.53 
 
 		 714 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  26.88 
 
 		 618 aa  61.2  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0820  Rhs element Vgr protein  25 
 
 		 694 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.476122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1626  Rhs element Vgr protein  22.44 
 
 		 592 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0131276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00256  Rhs-family protein  21.46 
 
 		 645 aa  59.7  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3849  Rhs element Vgr protein  27.04 
 
 		 675 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4187  Rhs element Vgr protein  22.68 
 
 		 769 aa  60.1  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3020  Rhs element Vgr protein  21.15 
 
 		 738 aa  59.7  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.988422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  20.71 
 
 		 692 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  21.43 
 
 		 730 aa  59.7  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  20.32 
 
 		 668 aa  58.9  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  23.59 
 
 		 697 aa  58.9  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  22.27 
 
 		 741 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3666  Rhs element Vgr protein  20.4 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  decreased coverage  0.0000749166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0449  type VI secretion system Vgr family protein  21.8 
 
 		 840 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.462145  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0391  Rhs element Vgr protein  29.27 
 
 		 1094 aa  57.8  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.437245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  20.56 
 
 		 1048 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0475  Rhs element Vgr protein  31.01 
 
 		 853 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.494661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>