More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3566 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 228 aa  460  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  55.86 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.1 
 
 		 234 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  47.14 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 230 aa  216  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.69 
 
 		 236 aa  210  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  45.33 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  42.29 
 
 		 234 aa  200  9.999999999999999e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 228 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  42.22 
 
 		 236 aa  198  6e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 229 aa  197  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 236 aa  195  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 233 aa  189  4e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 230 aa  188  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 238 aa  187  8e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 248 aa  185  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.68 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 251 aa  182  3e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3446  response regulator receiver  40.79 
 
 		 234 aa  165  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.664648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 241 aa  165  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 230 aa  164  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 230 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0440  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 230 aa  158  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0439  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 239 aa  155  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 239 aa  155  3e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 237 aa  156  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1861  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000248634  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5345  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.264155 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 234 aa  152  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 236 aa  152  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1342  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 234 aa  151  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0144629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1291  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 240 aa  151  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000572556  hitchhiker  0.0000375019 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 245 aa  151  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 232 aa  151  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  39.25 
 
 		 235 aa  151  8e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 230 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3569  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 235 aa  149  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1679  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  38.33 
 
 		 238 aa  148  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  38.26 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  37.28 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 243 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  35.37 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  35.37 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  38.46 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17451  two-component response regulator  37.18 
 
 		 269 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01831  two-component response regulator  38.2 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 247 aa  145  6e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1408  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 232 aa  144  8.000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  38.03 
 
 		 248 aa  144  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4665  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 235 aa  144  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.880727  normal  0.209776 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2526  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  38.2 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  39.57 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6757  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.250889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1561  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6268  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.350192  normal  0.482642 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0769  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 231 aa  142  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 234 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 227 aa  143  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 230 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>