299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0678 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0678  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 345 aa  709    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.274942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  33.69 
 
 		 376 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  31.03 
 
 		 374 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  33.52 
 
 		 362 aa  182  9.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  38.43 
 
 		 342 aa  172  7.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1426  anti-FecI sigma factor, FecR  31.56 
 
 		 361 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  33.43 
 
 		 365 aa  169  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  30.25 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  30.27 
 
 		 368 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  30.39 
 
 		 360 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  30.05 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  32.03 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  28.96 
 
 		 365 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  31.02 
 
 		 372 aa  155  9e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  31.42 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  31.42 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  29.84 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1414  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0503225  normal  0.125671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2220  anti-FecI sigma factor, FecR  31.4 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.123621 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0357  anti-FecI sigma factor, FecR  28.21 
 
 		 381 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  37.33 
 
 		 351 aa  142  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3705  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  28.93 
 
 		 357 aa  135  8e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  31.23 
 
 		 345 aa  133  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1566  anti-FecI sigma factor, FecR  30.94 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  35.19 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1703  anti-FecI sigma factor, FecR  29.43 
 
 		 365 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  31.62 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  34.12 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  30.19 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5418  anti-FecI sigma factor, FecR  25.61 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  28.25 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  31.68 
 
 		 351 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  31.27 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  25.88 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  29.1 
 
 		 351 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  29.38 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  34.53 
 
 		 329 aa  99.8  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  29.89 
 
 		 278 aa  99.4  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  30.14 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3122  anti-FecI sigma factor, FecR  30.52 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0237449  normal  0.801665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  27.53 
 
 		 315 aa  97.8  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  31.51 
 
 		 321 aa  97.1  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2190  anti-FecI sigma factor, FecR  31.82 
 
 		 335 aa  96.7  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0300153  hitchhiker  0.000017551 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  27.61 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  28.68 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  30.27 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  32.66 
 
 		 326 aa  92.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  29.91 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0149  anti-FecI sigma factor, FecR  39.26 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.528314  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  24.77 
 
 		 345 aa  89.7  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  29.25 
 
 		 347 aa  89.7  7e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  31.25 
 
 		 268 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  31.6 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  30.43 
 
 		 335 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  34.09 
 
 		 282 aa  88.6  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  27.82 
 
 		 323 aa  86.7  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  32.64 
 
 		 328 aa  86.3  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  33.21 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  29.93 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0658  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 		 379 aa  84  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  26.07 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  25.61 
 
 		 376 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  29.76 
 
 		 280 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  27.43 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  32.95 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6661  anti-FecI sigma factor, FecR  31.38 
 
 		 339 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  31.39 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  28.12 
 
 		 340 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  28.04 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2767  anti-FecI sigma factor, FecR  29.74 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012979 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  30.32 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  27.46 
 
 		 340 aa  75.9  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  26.09 
 
 		 334 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  29.52 
 
 		 332 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  23.46 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  29.14 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  32.54 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  24.91 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  29.41 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  26.96 
 
 		 384 aa  72.8  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  23.76 
 
 		 332 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  30.69 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  26.16 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  27.06 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  28.83 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  27.59 
 
 		 392 aa  71.2  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  31.48 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2856  anti-FecI sigma factor, FecR  29.7 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.183412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  29.95 
 
 		 350 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1982  FecR protein  32.93 
 
 		 402 aa  70.1  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.470085  hitchhiker  0.000000845336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  33.16 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 		 384 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4608  anti-FecI sigma factor, FecR  28.08 
 
 		 383 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>