More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4405 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  590  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 291 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  51.39 
 
 		 291 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 290 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  53.26 
 
 		 293 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 315 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 315 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 319 aa  254  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.99 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 291 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 297 aa  159  8e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  36.43 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 305 aa  142  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  34.46 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  30.34 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 296 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  33.9 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.21 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  32.4 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 325 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  33.68 
 
 		 334 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>