More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4365 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
471 aa  967    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.38 
 
 
481 aa  476  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.54 
 
 
461 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.27 
 
 
457 aa  468  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.21 
 
 
457 aa  430  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.25 
 
 
635 aa  357  3.9999999999999996e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.46 
 
 
488 aa  352  1e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.58 
 
 
650 aa  343  5e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.2 
 
 
653 aa  335  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.75 
 
 
1082 aa  330  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  53.09 
 
 
479 aa  326  6e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  52.17 
 
 
657 aa  323  3e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.74 
 
 
875 aa  322  8e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.32 
 
 
541 aa  322  9.999999999999999e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.46 
 
 
693 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.58 
 
 
346 aa  317  3e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.38 
 
 
515 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
651 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  40.59 
 
 
455 aa  310  4e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.86 
 
 
515 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.13 
 
 
451 aa  307  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.35 
 
 
459 aa  305  8.000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  48.91 
 
 
699 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.62 
 
 
724 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
480 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  49.84 
 
 
700 aa  302  7.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.77 
 
 
670 aa  302  9e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.14 
 
 
456 aa  302  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.18 
 
 
575 aa  302  1e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.47 
 
 
668 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.47 
 
 
670 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.47 
 
 
670 aa  300  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.47 
 
 
670 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.47 
 
 
670 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  48.76 
 
 
556 aa  300  3e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.47 
 
 
461 aa  300  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 
454 aa  300  5e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2604  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.56 
 
 
459 aa  300  5e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.1 
 
 
806 aa  299  6e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.16 
 
 
648 aa  299  9e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.16 
 
 
670 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.47 
 
 
723 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  48.76 
 
 
699 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
483 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  46.22 
 
 
690 aa  297  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.09 
 
 
485 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.08 
 
 
699 aa  297  3e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.22 
 
 
692 aa  296  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.63 
 
 
510 aa  296  4e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.92 
 
 
692 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.69 
 
 
509 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.09 
 
 
483 aa  296  7e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.84 
 
 
476 aa  296  7e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  45.92 
 
 
692 aa  295  9e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.92 
 
 
692 aa  295  9e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.92 
 
 
692 aa  295  9e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  45.92 
 
 
692 aa  295  9e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.75 
 
 
694 aa  295  9e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.92 
 
 
692 aa  295  9e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  45.92 
 
 
692 aa  295  9e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  48.77 
 
 
516 aa  295  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.54 
 
 
458 aa  294  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.09 
 
 
453 aa  294  3e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.09 
 
 
461 aa  293  4e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.17 
 
 
470 aa  293  6e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  46.49 
 
 
687 aa  292  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1826  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.34 
 
 
455 aa  292  9e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.048867  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.68 
 
 
692 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.68 
 
 
687 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.68 
 
 
692 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  46.42 
 
 
473 aa  290  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.68 
 
 
692 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
664 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.84 
 
 
472 aa  290  3e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 
687 aa  290  4e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  44.32 
 
 
474 aa  290  5.0000000000000004e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
488 aa  289  8e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  39.39 
 
 
441 aa  288  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  39.7 
 
 
441 aa  288  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  47.65 
 
 
514 aa  288  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  45.88 
 
 
488 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  39.7 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.35 
 
 
480 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  45.88 
 
 
488 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.43 
 
 
470 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  39.7 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  45.88 
 
 
488 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  39.7 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.21 
 
 
473 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.45 
 
 
466 aa  286  4e-76  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
348 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  39.48 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.88 
 
 
488 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.38 
 
 
458 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.55 
 
 
551 aa  286  5.999999999999999e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.48 
 
 
441 aa  286  8e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  39.48 
 
 
441 aa  285  9e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  48.6 
 
 
674 aa  285  9e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  46.52 
 
 
688 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.85 
 
 
447 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>