More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4250 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 311 aa  640    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  39.54 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  35.8 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  34.98 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 326 aa  139  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.53 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  36.28 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 		 328 aa  79.7  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.83 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  26.83 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 399 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 384 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.08 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 350 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 398 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.14 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 333 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  31.39 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  33.09 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  32.35 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 347 aa  72.8  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 387 aa  72.4  0.000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  29.93 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  29.93 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  29.93 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  24.85 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  23.7 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  24.3 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  24.88 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  28.28 
 
 		 329 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 365 aa  66.6  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 346 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 143 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.31 
 
 		 156 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  38.37 
 
 		 188 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3125  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000947593  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 382 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.71 
 
 		 164 aa  65.1  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0325  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 150 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2943  helix-turn-helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0314532  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 150 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  30.1 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 150 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 148 aa  63.5  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 361 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 361 aa  63.2  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>