More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_2028 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.04 
 
 		 761 aa  650    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4177  RNA binding S1 domain protein  52.5 
 
 		 775 aa  719    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00696361 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2028  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 707 aa  1451    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1085  RNA binding S1 domain protein  54.17 
 
 		 705 aa  739    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.972092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2544  RNA binding S1 domain protein  48.37 
 
 		 762 aa  642    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.493353  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1507  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.51 
 
 		 794 aa  645    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  47.88 
 
 		 759 aa  641    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  48.1 
 
 		 757 aa  640    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2316  RNA-binding domain-containing protein  48.63 
 
 		 740 aa  680    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1021  RNA-binding S1 domain-containing protein  67.85 
 
 		 707 aa  993    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.974178  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0669  Tex-like protein protein-like protein  54.24 
 
 		 713 aa  743    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.125717 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  52.62 
 
 		 754 aa  744    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0291  RNA binding S1 domain protein  49.42 
 
 		 710 aa  681    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6302  RNA binding S1 domain protein  52.49 
 
 		 760 aa  739    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.820559  normal  0.459443 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0870  RNA binding S1 domain protein  46.96 
 
 		 756 aa  649    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.611113 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0163  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.07 
 
 		 759 aa  684    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0161736  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1838  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.42 
 
 		 788 aa  706    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.225923  normal  0.149327 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.12 
 
 		 723 aa  650    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0995  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.41 
 
 		 723 aa  669    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5301 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.29 
 
 		 757 aa  630  1e-179  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3028  RNA binding S1 domain protein  48.03 
 
 		 754 aa  628  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  45.56 
 
 		 787 aa  625  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  45.69 
 
 		 802 aa  625  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1223  RNA binding S1 domain protein  47.64 
 
 		 756 aa  622  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.572551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4944  RNA binding S1 domain protein  46.3 
 
 		 718 aa  619  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.840168 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5424  RNA binding S1 domain protein  45.33 
 
 		 763 aa  617  1e-175  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  44.48 
 
 		 779 aa  614  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  46.6 
 
 		 773 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2849  RNA binding S1 domain protein  46.71 
 
 		 719 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  44.97 
 
 		 781 aa  610  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3247  RNA binding S1 domain protein  46.71 
 
 		 719 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.140684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2527  RNA binding S1 domain protein  44.97 
 
 		 782 aa  612  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197314  hitchhiker  0.0000000921984 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1924  RNA binding S1 domain protein  45.18 
 
 		 777 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0525601 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1406  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.99 
 
 		 780 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252881  decreased coverage  0.0000000874326 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1596  RNA binding S1 domain protein  44.72 
 
 		 788 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702606  normal  0.0459363 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  44.29 
 
 		 765 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1875  Tex-like protein protein-like protein  45.26 
 
 		 719 aa  601  1e-170  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.36 
 
 		 774 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0479  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.43 
 
 		 712 aa  597  1e-169  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00985663  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  46.36 
 
 		 861 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03989  Transcriptional accessory protein  46.42 
 
 		 788 aa  596  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.36 
 
 		 774 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1810  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.48 
 
 		 728 aa  597  1e-169  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.547595  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0153  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.29 
 
 		 802 aa  598  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1388  RNA binding S1 domain protein  44.97 
 
 		 721 aa  595  1e-168  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000247935  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1955  RNA binding S1  45.65 
 
 		 718 aa  592  1e-168  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4965  putative transcription accessory protein  43.94 
 
 		 796 aa  593  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1222  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.82 
 
 		 784 aa  595  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.923017  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0077  putative tex protein  43.99 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4967  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.36 
 
 		 774 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00735813 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  43.99 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.46 
 
 		 787 aa  595  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  44.97 
 
 		 719 aa  594  1e-168  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  43.99 
 
 		 821 aa  592  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  43.99 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1181  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.69 
 
 		 720 aa  593  1e-168  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1819  putative tex protein  43.99 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0270  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.93 
 
 		 774 aa  595  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  43.99 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  45.21 
 
 		 767 aa  593  1e-168  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  43.99 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.89 
 
 		 774 aa  594  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0405  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.53 
 
 		 772 aa  590  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001874  transcription accessory protein  45.61 
 
 		 773 aa  589  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  45.47 
 
 		 766 aa  590  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00510  RNA binding S1 domain protein  44.99 
 
 		 722 aa  585  1e-166  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000209068  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  45.66 
 
 		 772 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0286  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.01 
 
 		 726 aa  585  1e-166  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000736156  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  46.08 
 
 		 774 aa  588  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  45.3 
 
 		 773 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.36 
 
 		 773 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4226  RNA binding S1  44.35 
 
 		 775 aa  588  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  44.56 
 
 		 772 aa  588  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1680  RNA binding S1 domain-containing protein  44.66 
 
 		 784 aa  587  1e-166  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.162131 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0767  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.1 
 
 		 720 aa  586  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  44.95 
 
 		 767 aa  584  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  45.09 
 
 		 773 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  44.37 
 
 		 772 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05040  transcriptional accessory protein  45.66 
 
 		 770 aa  583  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.948642  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  44.27 
 
 		 814 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6281  RNA binding S1  44.41 
 
 		 815 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.319798  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.29 
 
 		 813 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0173  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.7 
 
 		 804 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1798  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.41 
 
 		 774 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.87 
 
 		 787 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1476  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.41 
 
 		 812 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0738998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1822  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.27 
 
 		 815 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.569031 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5099  RNA binding S1  44.41 
 
 		 774 aa  582  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0354  RNA binding S1 domain protein  44.79 
 
 		 718 aa  581  1e-164  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00795  S1 RNA binding domain protein  44.62 
 
 		 786 aa  580  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0660252  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.73 
 
 		 787 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1709  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.13 
 
 		 813 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4130  RNA binding S1 domain protein  43.73 
 
 		 787 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.97 
 
 		 779 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.97 
 
 		 779 aa  581  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.13 
 
 		 774 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.97 
 
 		 779 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  46.37 
 
 		 735 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2248  transcription accessory protein, TEX  43.85 
 
 		 775 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.673592  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4334  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.04 
 
 		 787 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.515985  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>