120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0039 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 328 bp  650    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  86.09 
 
 		 348 bp  218  7e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  90.1 
 
 		 332 bp  210  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  88.46 
 
 		 427 bp  194  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0021  RNA component of RNaseP  88.08 
 
 		 328 bp  186  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.584504  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0031  RNA component of RNaseP  87.63 
 
 		 339 bp  180  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.113623  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  87.1 
 
 		 326 bp  178  6e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  84.7 
 
 		 309 bp  174  1e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0048  RNA component of RNaseP  86.17 
 
 		 333 bp  167  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.803331  normal  0.231595 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07210  bacterial RNase P class A  86.49 
 
 		 340 bp  165  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  86.39 
 
 		 353 bp  159  6e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  85.94 
 
 		 356 bp  155  8.999999999999999e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0022  RNA component of RNaseP  82.49 
 
 		 345 bp  153  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0037  RNA component of RNaseP  85.03 
 
 		 316 bp  141  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.353457  normal  0.717532 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0038  RNA component of RNaseP  84.74 
 
 		 348 bp  139  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000786849  hitchhiker  0.000162331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0038  RNA component of RNaseP  84.46 
 
 		 354 bp  139  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0631532  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0029  RNA component of RNaseP  84 
 
 		 318 bp  125  8e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.223186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0026  RNA component of RNaseP  84 
 
 		 352 bp  125  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0026    84 
 
 		 352 bp  125  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112787  normal  0.29331 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0025  RNA component of RNaseP  92.05 
 
 		 184 bp  119  5e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0034  RNA component of RNaseP  82.99 
 
 		 339 bp  115  8.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12130  Bacterial RNase P class A  82.7 
 
 		 317 bp  113  3e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0161879  normal  0.0949657 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0035  RNA component of RNaseP  81.82 
 
 		 334 bp  109  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.479138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0030  RNA component of RNaseP  83.05 
 
 		 369 bp  109  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.668661  normal  0.541777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0035  RNase P RNA  83.08 
 
 		 354 bp  109  5e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0036  rnpB RNA  82.32 
 
 		 337 bp  105  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0407742  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0039  RNA component of RNaseP  83.22 
 
 		 341 bp  93.7  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0961177  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  91.78 
 
 		 315 bp  91.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0068  RNA component of RNaseP  87.8 
 
 		 338 bp  83.8  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.400378  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15110  Bacterial RNase P class A  82.42 
 
 		 324 bp  83.8  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  87.65 
 
 		 326 bp  81.8  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    86.59 
 
 		 330 bp  75.8  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  88.57 
 
 		 301 bp  75.8  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0045  RNA component of RNaseP  80.77 
 
 		 312 bp  75.8  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    88.89 
 
 		 303 bp  73.8  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    88.89 
 
 		 295 bp  73.8  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 342 bp  71.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 323 bp  71.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  88.24 
 
 		 304 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  85.06 
 
 		 327 bp  69.9  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0018    87.65 
 
 		 358 bp  65.9  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000656254  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09520  Bacterial RNase P class A  82.07 
 
 		 325 bp  65.9  0.000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.546213  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0035  RNA component of RNaseP  85.53 
 
 		 284 bp  63.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  84.52 
 
 		 315 bp  63.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  84.52 
 
 		 373 bp  63.9  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 297 bp  63.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16640  Bacterial RNase P class A  84.09 
 
 		 299 bp  63.9  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0340654  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  97.14 
 
 		 284 bp  61.9  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  97.14 
 
 		 276 bp  61.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0051  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 328 bp  61.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.252998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0038  RNA component of RNaseP  84.81 
 
 		 294 bp  61.9  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0147775  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 363 bp  60  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  94.74 
 
 		 326 bp  60  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1797  bacterial RNase P, class A  100 
 
 		 380 bp  60  0.0000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.848087  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 357 bp  60  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 308 bp  60  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 356 bp  60  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 329 bp  58  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 313 bp  58  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  96.97 
 
 		 288 bp  58  0.000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  85.14 
 
 		 304 bp  56  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0028  RNA component of RNaseP  96.88 
 
 		 270 bp  56  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 213 bp  56  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 354 bp  56  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 398 bp  54  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  83.13 
 
 		 301 bp  54  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0052  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 120 bp  52  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0053  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0053  RNA component of RNaseP  84.62 
 
 		 347 bp  52  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  93.94 
 
 		 261 bp  50.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0031  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0006  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0741238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 298 bp  50.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 372 bp  50.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  93.94 
 
 		 304 bp  50.1  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0033  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 272 bp  50.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399314  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0063  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0023    93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000610134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0023    93.94 
 
 		 347 bp  50.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000569795  normal  0.573618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    93.94 
 
 		 350 bp  50.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 335 bp  50.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  90 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0003  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 283 bp  46.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000142891  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  100 
 
 		 302 bp  46.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0042  RNase P  100 
 
 		 253 bp  46.1  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000446762  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 332 bp  46.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  93.55 
 
 		 303 bp  46.1  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 295 bp  46.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  93.55 
 
 		 301 bp  46.1  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 305 bp  46.1  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>