109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0388 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0388  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 213 aa  422  1e-117  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4136  cyclic nucleotide-binding domain protein  23.79 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4121  cyclic nucleotide-binding domain protein  24.04 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1784  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.46 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0137  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21 
 
 		 243 aa  67  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0458  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.39 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0401  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.39 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1894  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.58 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000758315  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0312  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0336  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.26 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0158598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0206  transcriptional regulator  21.84 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000707778  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.92 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  29.7 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 		 354 aa  54.3  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.1 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 224 aa  52.4  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 238 aa  52  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 229 aa  52  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 220 aa  52  0.000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3786  transcriptional regulator  24.19 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0919672  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2717  cyclic nucleotide binding protein, putative  25.7 
 
 		 226 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2741  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.96 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.705936 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1659  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0131527  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.23 
 
 		 242 aa  50.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.7 
 
 		 155 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2501  cyclic nucleotide-binding protein  25.12 
 
 		 226 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0611932  hitchhiker  0.00056277 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.87 
 
 		 229 aa  49.3  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 230 aa  48.9  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2419  catabolite gene activator  22.9 
 
 		 231 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 230 aa  48.5  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.57 
 
 		 226 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  29.7 
 
 		 155 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4569  putative cyclic nucleotide binding protein  22.5 
 
 		 161 aa  48.5  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.5 
 
 		 222 aa  48.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  26.67 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.94 
 
 		 243 aa  47.4  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.62 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.7 
 
 		 226 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  18.36 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0003  putative cyclic nucleotide binding protein  19.8 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000897853  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  18.36 
 
 		 223 aa  47.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.31 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.32 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.62 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1849  cyclic nucleotide-binding  23.9 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00134256  normal  0.103049 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  20.77 
 
 		 222 aa  46.6  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  17.91 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  17.19 
 
 		 218 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1840  cyclic nucleotide-binding protein  24.3 
 
 		 226 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00716362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.23 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.3 
 
 		 154 aa  46.6  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.89 
 
 		 226 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.81 
 
 		 221 aa  46.2  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3165  transcriptional regulator  21.81 
 
 		 230 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.77 
 
 		 231 aa  46.2  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.92 
 
 		 257 aa  45.8  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.72 
 
 		 238 aa  45.8  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 232 aa  45.4  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2368  catabolite gene activator  22.75 
 
 		 231 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.85 
 
 		 209 aa  45.4  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  26.6 
 
 		 225 aa  45.4  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  19.02 
 
 		 225 aa  44.3  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1578  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 201 aa  44.7  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.16 
 
 		 237 aa  44.7  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.43 
 
 		 229 aa  44.7  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3454  cyclic nucleotide-binding domain protein  21.28 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3470  cyclic nucleotide-binding domain protein  21.28 
 
 		 230 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  21 
 
 		 229 aa  43.9  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3481  cyclic nucleotide-binding domain protein  21.6 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0295032  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.11 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2964  catabolite gene activator  22.22 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117686  normal  0.0504815 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3255  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  21.28 
 
 		 230 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00717521  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3228  transcriptional regulator  21.28 
 
 		 230 aa  43.1  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000617944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  21.28 
 
 		 230 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  18.69 
 
 		 267 aa  43.1  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  25 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2212  cyclic nucleotide-binding protein  20.56 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.328498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.88 
 
 		 224 aa  43.5  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3275  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.08 
 
 		 195 aa  43.1  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0513046  hitchhiker  0.00943034 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  21.63 
 
 		 355 aa  42.7  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.72 
 
 		 227 aa  42.7  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  23.16 
 
 		 212 aa  42.4  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.71 
 
 		 348 aa  42.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4828  cyclic nucleotide-binding protein  15.79 
 
 		 229 aa  42.4  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0724019 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3162  cyclic nucleotide-binding protein  20.74 
 
 		 230 aa  42.4  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  25.56 
 
 		 241 aa  42.7  0.005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.95 
 
 		 229 aa  42.4  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  22.83 
 
 		 214 aa  42.4  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.6 
 
 		 229 aa  42.4  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 224 aa  42  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 224 aa  42  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 224 aa  42  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3861  transcriptional activator FtrB  22.1 
 
 		 256 aa  42.4  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  23.04 
 
 		 226 aa  42.4  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.5 
 
 		 233 aa  42  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.83 
 
 		 253 aa  42  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.86 
 
 		 240 aa  42  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 224 aa  42  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>