More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0111 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0111  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  100 
 
 
297 aa  593  1e-168  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0171096  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0113  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  93 
 
 
319 aa  506  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1807  cell wall hydrolase/autolysin  44.28 
 
 
268 aa  158  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.94 
 
 
317 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.344171  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0434  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.52 
 
 
317 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4521  cell wall hydrolase/autolysin  38.57 
 
 
318 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1398  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  41.71 
 
 
241 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.373553  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3223  cell wall hydrolase/autolysin  35.61 
 
 
257 aa  139  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2753  cell wall hydrolase/autolysin  32.38 
 
 
254 aa  93.2  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.984252  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4394  cell wall hydrolase/autolysin  29.68 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1357  cell wall hydrolase/autolysin  30.48 
 
 
286 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.414025  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0517  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.25 
 
 
657 aa  79.7  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000337238  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0290  cell wall hydrolase/autolysin  34.58 
 
 
283 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0265  cell wall hydrolase/autolysin  28.9 
 
 
271 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0337  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.57 
 
 
472 aa  72.8  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000027639  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1163  cell wall hydrolase/autolysin  30.09 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.914132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.41 
 
 
746 aa  72.4  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0671  cell wall hydrolase/autolysin  29.72 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5160  cell wall hydrolase/autolysin  32.42 
 
 
291 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0130951 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0587  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.57 
 
 
352 aa  70.1  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39690  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27 
 
 
382 aa  68.6  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.587198 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1080  cell wall hydrolase/autolysin  30.54 
 
 
703 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000496227  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4010  cell wall hydrolase/autolysin  27.08 
 
 
254 aa  68.2  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.864975  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0539  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, putative  29.11 
 
 
268 aa  67  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000536287  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2296  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.49 
 
 
249 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5403  cell wall hydrolase/autolysin  24.53 
 
 
383 aa  66.2  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0477  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.23 
 
 
377 aa  66.2  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9001  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like protein  24.9 
 
 
283 aa  65.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.257312  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0722  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.96 
 
 
469 aa  64.7  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.033556  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2670  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.77 
 
 
447 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.2261  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1194  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.92 
 
 
291 aa  63.9  0.000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00764454  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3352  cell wall hydrolase/autolysin  30.45 
 
 
290 aa  63.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.939997 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0368  cell wall hydrolase/autolysin  30.87 
 
 
474 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000387898  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0618  cell wall hydrolase/autolysin  27.88 
 
 
451 aa  63.5  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000253724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.12 
 
 
576 aa  62.4  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.61 
 
 
521 aa  62.4  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4484  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.51 
 
 
543 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000290327  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5676  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.98 
 
 
487 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.538418  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0864  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.96 
 
 
476 aa  62  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.721049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65370  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.77 
 
 
475 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0527105  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1817  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.9 
 
 
411 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.127678 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3463  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  22.27 
 
 
299 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0322  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD  28.51 
 
 
246 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0112348  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2674  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.92 
 
 
860 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000467202  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3626  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29 
 
 
476 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000133632  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1709  cell wall hydrolase/autolysin  28.51 
 
 
419 aa  60.8  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  22.73 
 
 
563 aa  60.1  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4581  cell wall hydrolase/autolysin  23.83 
 
 
392 aa  60.5  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00170729 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3402  cell wall hydrolase/autolysin  27.65 
 
 
347 aa  60.1  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2027  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.64 
 
 
454 aa  60.1  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  24.9 
 
 
571 aa  59.7  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2267  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.46 
 
 
421 aa  59.7  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0639  hypothetical protein  27.78 
 
 
261 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.7148 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2532  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.81 
 
 
456 aa  59.7  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2221  protein of unknown function DUF187  27.16 
 
 
997 aa  59.7  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.155376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2324  cell wall hydrolase/autolysin  29.03 
 
 
538 aa  59.7  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000122542  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2016  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.8 
 
 
406 aa  59.7  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.301828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, family 3  25.9 
 
 
471 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0143  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD  26.23 
 
 
238 aa  58.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2635  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.56 
 
 
442 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000028113  unclonable  0.00000000000694269 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5325  cell wall hydrolase/autolysin  30.61 
 
 
332 aa  58.9  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0569  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.1 
 
 
471 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0497  transcription elongation factor GreA  26.24 
 
 
479 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0584  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.57 
 
 
499 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3975  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.88 
 
 
430 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4160  cell wall hydrolase/autolysin  26.94 
 
 
259 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00486305  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1804  cell wall hydrolase/autolysin  24.88 
 
 
240 aa  58.9  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.052646  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4897  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.38 
 
 
476 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019111  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4773  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.38 
 
 
476 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3543  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.9 
 
 
440 aa  57.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0620  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.62 
 
 
646 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3187  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.19 
 
 
474 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0462523  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3053  cell wall hydrolase/autolysin  27.23 
 
 
591 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0425538  normal  0.806567 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3067  cell wall hydrolase/autolysin  27.23 
 
 
591 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0213  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.77 
 
 
257 aa  57.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00242661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5099  cell wall hydrolase/autolysin  23.04 
 
 
387 aa  58.2  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000380245 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0669  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.15 
 
 
430 aa  57.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.105203  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1016  cell wall hydrolase/autolysin  26.7 
 
 
352 aa  58.2  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000634005  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4688  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.38 
 
 
477 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.802168  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2941  cell wall hydrolase/autolysin  30.43 
 
 
250 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000101461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1795  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.08 
 
 
434 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.71 
 
 
579 aa  57  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0665  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.85 
 
 
399 aa  57.4  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.188608 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1272  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.83 
 
 
242 aa  57  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000305091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3123  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.59 
 
 
332 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2539  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AMIC precursor protein  25.27 
 
 
507 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.687203 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2053  cell wall hydrolase/autolysin  29.02 
 
 
1805 aa  56.6  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0944143  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0570  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.82 
 
 
452 aa  56.6  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000754253 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0600  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26 
 
 
463 aa  55.8  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0632  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.1 
 
 
471 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.419176 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4949  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25 
 
 
476 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0480001  normal  0.137764 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1410  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.2 
 
 
366 aa  55.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.760339 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2626  hypothetical protein  21.53 
 
 
476 aa  55.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2911  cell wall hydrolase/autolysin  23.24 
 
 
259 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0569075  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2268  cell wall hydrolase/autolysin  25.44 
 
 
585 aa  55.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2409  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.51 
 
 
507 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262199  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2815  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.9 
 
 
506 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1209  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.26 
 
 
469 aa  55.1  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0486  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain-containing protein  24.91 
 
 
491 aa  55.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2595  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase I  23.55 
 
 
289 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>